實時熒光定量PCR(Real-TimePCR,簡稱qPCR)是一種基于聚合酶鏈式反應(PCR)的高靈敏度、高特異性的分子生物學技術(shù),用于定量分析DNA或RNA的含量。它通過實時監(jiān)測PCR反應過程中產(chǎn)生的熒光信號的變化來實現(xiàn)對靶標核酸的定量分析。
原理定義:
實時熒光定量PCR系統(tǒng)的原理基于PCR反應的擴增過程,在此過程中利用熒光染料或熒光探針對PCR產(chǎn)物進行實時檢測和定量。
PCR擴增過程:
通過PCR擴增反應,DNA模板經(jīng)過多個循環(huán)逐步擴增,生成大量的目標DNA片段。
在每一個循環(huán)中,模板DNA會被熱變性(使雙鏈DNA分開)、退火(引物與模板配對)和延伸(DNA聚合酶合成新鏈)等步驟逐漸擴增。
熒光信號的產(chǎn)生:
在擴增過程中,熒光染料或探針與PCR產(chǎn)物結(jié)合,產(chǎn)生熒光信號。實時PCR系統(tǒng)通過監(jiān)測這些熒光信號的變化來判斷目標核酸的數(shù)量。
常用的熒光探針和染料包括:
SYBRGreen:與雙鏈DNA結(jié)合時發(fā)出熒光,適用于檢測PCR產(chǎn)物。
TaqMan探針:是一種帶有熒光基團和猝滅基團的探針,只有當探針與目標DNA結(jié)合并在PCR反應過程中被DNA聚合酶切割時,才會釋放熒光信號。
MeltCurve分析:通過熔解曲線分析,可以進一步確認PCR產(chǎn)物的特異性。
實時檢測和定量:
在每一輪PCR擴增的過程中,實時熒光定量PCR系統(tǒng)都會在每一個擴增周期結(jié)束時,檢測熒光信號的強度。
熒光信號的強度與PCR產(chǎn)物的數(shù)量成正比,因此可以通過熒光信號的變化曲線來推算目標核酸的初始濃度。
在PCR反應的指數(shù)擴增階段,熒光信號與目標DNA的量呈指數(shù)關(guān)系,系統(tǒng)可以通過分析信號的上升曲線(Ct值,臨界閾值)來定量目標DNA或RNA的濃度。
定量分析:
Ct值(閾值循環(huán)數(shù)):是指PCR反應中,熒光信號達到預設的閾值時的循環(huán)數(shù)。Ct值與樣本中的初始靶標DNA/RNA濃度成反比,Ct值越小,表示初始模板的濃度越高。
標準曲線法:使用已知濃度的標準品構(gòu)建標準曲線,根據(jù)樣本的Ct值對其進行定量。
相對定量:可以通過對照基因或內(nèi)參基因的表達量與目標基因的表達量進行比對,得出目標基因的相對表達量。
優(yōu)點:
高靈敏度與高特異性:通過實時監(jiān)測熒光信號,可以在PCR擴增的初期階段檢測到目標核酸,具有很高的靈敏度和特異性。
定量精準:實時監(jiān)測每一個PCR循環(huán)中的熒光信號,可以精確地定量目標核酸的初始含量。
無需后期電泳:與傳統(tǒng)的PCR方法不同,實時熒光定量PCR不需要使用瓊脂糖凝膠電泳檢測擴增產(chǎn)物,減少了操作時間和誤差。
應用:
基因表達分析:用于檢測基因的相對或絕對表達量。
病原檢測:如病毒、細菌等的定量檢測。
基因突變分析:檢測特定基因的突變。
定量檢測DNA、RNA:適用于定量DNA或RNA模板,包括mRNA、miRNA、DNA甲基化等。
實時熒光定量PCR為分子生物學研究和臨床應用提供了強大的工具,尤其是在基因表達、疾病診斷和環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域。
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