王秀杰等開(kāi)發(fā)完成植物小分子RNA整合分析軟件psRobot

植物小分子RNA，主要包括microRNA和小干擾RNA，在基因的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控過(guò)程中具有重要作用。第二代測(cè)序技術(shù)的逐漸成熟和廣泛應(yīng)用極大地推動(dòng)了小分子RNA相關(guān)研究的發(fā)展，對(duì)不同組織和材料中的小分子RNA進(jìn)行深度測(cè)序已成為研究小分子RNA的常規(guī)手段。因此，針對(duì)這些數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析成為了研究者們面臨的日益突出的問(wèn)題。

*遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所王秀杰課題組的研究人員開(kāi)發(fā)了一套在線的小分子RNA整合分析軟件psRobot。該軟件僅需要用戶提交小分子RNA的成熟體序列，就可以借助多種預(yù)存的高通量數(shù)據(jù)系統(tǒng)的鑒定這些小分子RNA是否為microRNA（或具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)前體的小RNA）以及它們的靶基因情況。該在線工具主要分為兩個(gè)功能模塊，*個(gè)功能模塊提供與小分子RNA本身相關(guān)的信息，包括小分子RNA在參考基因組上的定位以及莖環(huán)結(jié)構(gòu)的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突變體或AGO結(jié)合實(shí)驗(yàn)中的表達(dá)水平等。用戶可以基于上述分析結(jié)果來(lái)判斷小分子RNA的產(chǎn)生與作用過(guò)程。第二個(gè)功能模塊進(jìn)行小分子RNA的靶基因預(yù)測(cè)，提供包括參考序列庫(kù)中的所有靶基因位點(diǎn)列表、靶位點(diǎn)的多重性、靶位點(diǎn)的保守性以及降解組數(shù)據(jù)等生物實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)信息。通過(guò)以上工具用戶可以方便地獲得所分析的小分子RNA的產(chǎn)生過(guò)程、作用機(jī)制以及具有的生物學(xué)功能等信息，為系統(tǒng)地研究小分子RNA的功能提供了極大的便利。PsRobot的為：http：//omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/.

該研究在線發(fā)表于英國(guó)生物信息學(xué)期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）（DOI：10.1093/nar/gks554）上。王秀杰課題組的博士生吳華君和馬英克為論文共同*作者。該項(xiàng)研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金，中科院和*項(xiàng)目等經(jīng)費(fèi)資助。