DAP-seq：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點研究新方法
在功能基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)研究中，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點（TFBS）的發(fā)掘一直是研究熱點。傳統(tǒng)的ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測序）方法，在抗體質(zhì)量很好的情況下能夠有效檢測到TFBS。然而，好的抗體可遇不可求，這限制了ChIP-seq更廣泛的應(yīng)用。
DAP-seq技術(shù)的出現(xiàn)，使TFBS 的研究不再局限于物種，不再受抗體質(zhì)量的限制，為生命科學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄因子的研究提供了新的有效工具。
DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過體外蛋白表達(dá)技術(shù)，表達(dá)出帶有標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子，和基因組DNA文庫在體外進(jìn)行結(jié)合，然后分離出所有與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA，再使用高通量測序，找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點。
藍(lán)景科信為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個性化數(shù)據(jù)分析，具有100多個物種，2000多個轉(zhuǎn)錄因子的實戰(zhàn)經(jīng)驗。歡迎咨詢。
服務(wù)內(nèi)容：
| 服務(wù)項目 | 周期 | 交付結(jié)果 |
| 蛋白表達(dá)載體構(gòu)建 | 1-2周 | 構(gòu)建載體的測序結(jié)果 實驗過程圖 原始測序數(shù)據(jù) 分析結(jié)果 |
| 蛋白無細(xì)胞表達(dá) | 1-2周 | |
| DAP-seq文庫構(gòu)建 | 1周 | |
| DNA親和純化 | 1-2周 | |
| 上機(jī)測序 | 2周 | |
| 標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析 | 2周 |
已做物種：
植物 | ||||||||
擬南芥 | 莖瘤芥 | 甘藍(lán)型油菜 | 白菜型油菜 | 不結(jié)球白菜 | 菜心 | 小麥 | 大麥 | 花生 |
辣椒 | 番茄 | 草莓 | 黃花棘豆 | 苦蕎 | 紅薯 | 木薯 | 馬鈴薯 | 普通煙草 |
人參 | 鴨茅 | 罌su | 甘蔗 | 短芒大麥草 | 二色補(bǔ)血草 | 煙草 | 百脈根 | 芍藥 |
丹參 | 狗尾草 | 菠菜 | 玉米 | 大豆 | 高粱 | 藜麥 | 陸地棉 | 甜瓜 |
黃瓜 | 葡萄 | 灰氈毛忍冬 | 粉葛 | 三葉青 | 獼猴桃 | 香蕉 | 蒺藜苜蓿 | 紫花苜蓿 |
伴礦景天 | 苔蘚 | 地錢 | 毛果楊 | 717楊 | 84K楊 | 小黑楊 | 胡楊 | 山新楊 |
小葉楊 | 歐美楊 | 大青楊 | 毛白楊 | 剛毛檉柳 | 白樺 | 光皮樺 | 油松 | 毛竹 |
麻竹 | 銀杏 | 油桐 | 荔枝 | 柑橘 | 甜橙 | 歐洲云杉 | 核桃 | 柿子 |
閩楠 | 木荷 | 臍橙 | 板栗 | 棗 | 枳 | 杜梨 | 蘋果 | 桃 |
櫻桃 | 麻瘋樹 | 茶樹 | 梅 | 月季 | 海島棉 | 白木香 | 橡膠樹 | 三角褐指藻 |
芥藍(lán) | 藍(lán)花耬斗菜 | 鹽芥 | 無花果 | 菠蘿 | 西瓜 | 甘薯 | 竹葉花椒 | 玫瑰 |
動物 | ||||
驢 | 飛蝗 | 新孢子蟲 | 煙粉虱 | 草地貪夜蛾 |
真菌 | ||||||
擬輪枝鐮孢菌 | 豬苓真菌 | 意大利青霉 | 草酸青霉 | 腐霉 | 金黃殼囊孢 | 靈芝 |
糙皮側(cè)耳 | 草菇 | 灰蓋鬼傘 | 蟲草 | 亞洲鐮刀菌 | 蝗綠僵菌 | |
細(xì)菌 | |||||
路德維希腸桿菌 | 嗜熱厭氧桿菌 | 生氮假單胞菌 | 伯克赫爾德氏菌 | 布魯氏菌 | 肺炎克雷伯菌 |
相關(guān)服務(wù)：
1、 凝膠阻滯實驗（EMSA）：DAP-seq后續(xù)驗證服務(wù)。
2、 酵母單雜交：DAP-seq后續(xù)驗證服務(wù)
3、 ChIP-seq：高效檢測重組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位點
4、 DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析： 分析轉(zhuǎn)錄因子的靶基因在RNA-seq數(shù)據(jù)中的表達(dá)變化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq測序數(shù)據(jù)，增加轉(zhuǎn)錄組測序的分析深度。
5、 DNA-pull down：鑒定與DNA結(jié)合的蛋白。
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DAP-seq：轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點研究新方法
DAP-seq是基于DNA親和純化，通過體外表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢，自該技術(shù)問世以來，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學(xué)的研究。能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。
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