RNA測序

概念和原理

RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，就是把mRNA、smallRNA和non-coding RNA或者其中一些用高通量測序技術(shù)把它們的序列測出來，反映出它們的表達水平。首先，我們獲得細胞總RNA，然后根據(jù)實驗需要，比如是需要測mRNA、non-coding RNA還是sma¨RNA等，對RNA樣品進行處理。處理好的RNA冉進行片段化，然后反轉(zhuǎn)錄形成cDHiA，獲得cDNA文庫，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，zui后用新一代高通量測序儀進行測序。

科研和臨床應(yīng)用

l 豐富基因注釋的很多方面內(nèi)容，包括5’／3‘邊界鑒定、UTRs區(qū)域鑒定以及新的轉(zhuǎn)錄區(qū)域鑒定等。RNA-Seq還可對可變剪接進行定量研究。

l 發(fā)現(xiàn)新基因，無需背景信息。

l 轉(zhuǎn)錄本變異研究，如融合基因鑒定、編碼序列多態(tài)性研究等。

l 非編碼區(qū)域功能研究，如發(fā)現(xiàn)和分析non-coding RlxIA在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等多個層面調(diào)控基因表達。

l 基因表達水平研究，準(zhǔn)確地確定細胞中RNA的表達水平。

標(biāo)本采集、保存、運輸

l 對于RNA樣品，如需長途運輸，可往檢測合格的RlxIA溶液加入1/10體積的3MNaAe pH5.2,混勻后再加2倍體積無水乙醇，混勻，編號密葑（注意切匆乙醇泄漏），冷凍運輸。

l 對于組織樣品，采樣后立即用液氮速凍，保存于-80℃，冷凍運輸；提取RNA后經(jīng)變性電泳，保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。

l 對于細胞樣品，先使用TRIzol試劑進行處理（可參考TRIzol試劑說明書），每份樣品≥5X1 06個細胞，于-800c保存，需提供1-2份備份樣品。原則上不接收未經(jīng)TRIzol處理的細胞樣品。

l 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

客戶須知

細胞（需提供1-2份備份樣品，每份樣品≥5X106個細胞）、組織(≥2g)、RNA（濃度≥250 ngml，總量≥50 Ug, OD260/280介于1.8-2.2之間，OD260/230值應(yīng)≥2 0，28S/18S> 1.5; R|N值≥8.0,并確保RIxIA無降解，無污染；或提供濃度≥50 ng／乩總量≥1岫的mRNA。同時，。提供質(zhì)量檢測相關(guān)數(shù)據(jù)和圖片）。

報告形式

l 原始數(shù)據(jù)報告（Fasta-Q格式）：包含所有測序序列的序列信息，堿基讀取質(zhì)量評估；

l 基本數(shù)據(jù)分析報告（Excel表格）：包含有效序列的序列信息，與參考基因組比對后的注釋信息等；

l 高級數(shù)據(jù)分析（應(yīng)客戶要求定制）：如基因覆蓋率和測序深度分析，基因表達差異分析，基因結(jié)構(gòu)分析，鑒定選擇性剪切現(xiàn)象，發(fā)現(xiàn)新縣因，鑒定基因融臺現(xiàn)象等。

               
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