Neo-10 Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫

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Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫

   TCMdb 產(chǎn)品簡介   
Neosuite TCMD 中藥化學(xué)數(shù)據(jù)庫（ Traditional Chinese Medicines Database , TCMdb ）是中科院過程工程研究所分子設(shè)計課題組在*從事藥物設(shè) 計方法研究的背景下，對數(shù)據(jù)庫工具的國內(nèi)外需求進行分析，經(jīng)多年努力研制成功的科學(xué)數(shù)據(jù)庫產(chǎn)品，是一個支持新藥研發(fā)和中藥現(xiàn) 代化研究的新型工具。
TCMdb 是一個多學(xué)科交叉的科學(xué)數(shù)據(jù)庫，涉及中藥現(xiàn)代化研究、中藥化學(xué)、藥物化學(xué)、植物化學(xué)、化學(xué)信息學(xué)、中藥藥理學(xué)、分子藥 理學(xué)、藥物設(shè)計學(xué)、耕產(chǎn)物研究與開發(fā)、新藥創(chuàng)制、新劑型中藥研發(fā)、新農(nóng)藥及其它農(nóng)用化學(xué)品的研發(fā)等諸多研究及開發(fā)領(lǐng)域。

數(shù)據(jù)翔實，表達(dá)規(guī)范，檢素途徑完備

*的中藥新產(chǎn)品開發(fā)和現(xiàn)代化研究綜合信息源

收集化合物 23033 種
涉及中藥藥用植物 6735 種
使用參考文獻(xiàn) 5538 篇（部）
文獻(xiàn)延伸到 2010 年

每種化合物含下列數(shù)據(jù)：唯yi代碼、中文名稱、英文名稱、CAS登錄號、分子式、分子量、物理化學(xué)性質(zhì)（晶體形態(tài)、焰點、 沸點、旋光度等）、格式化的生物活性數(shù)據(jù)（即藥理模型實驗結(jié)果）、含有該化合物的中藥名單（部分包括該化合物在原 植物中的含量數(shù)據(jù)）、含*立體化學(xué)信息的結(jié)構(gòu)式和參考文獻(xiàn)。

   化合物信息舉例：人參皂甙 Rd   
ID : 8427
CAS : 52705 - 93 - 8
name_cn ：人參皂昔 Rd
name_en ：Ginsenoside Rd
MF : C48H82O18
MW : 947.1779
source_plant ：絞股藍(lán) Gynostemma pentaphyllum（ 葉 ：0.009% 干重 ）[4757]，秦嶺珠子參 Panax japonicus van major，人參 Panax ginseng [Syn. Panax schinseng]，三七花蕾 Panax pseudo-ginseng var. notoginseng [Syn. Panax notoginseng]（ 花蕾：0.010% 干重 ）[4702]，西洋參 Panax quinquefolium，竹節(jié)三七 Panax pseudo-ginseng var. japonicus （ 地下部分：0.0018% 干重 ）[4647].
physical_chemical ：白色粉末（ 乙醇：正丁醇=1 : 1）, mp 206 ~ 209°C, [ α ] D22 = +19.38° （ c = 1.03,甲醇 ）.
other_name : Gypenoside VIII
pharm_avtivity ：抗心律失常（ 氯化鋇引起的大鼠心律不齊 ）；抗病毒；抑制 HSV - 1復(fù)制；抗氧化劑（ 大鼠肝臟勻漿，過氧化氫所致，IC50 = （ 12.0±0.8 ）pg/mL，FeSO4 所致，IC50 = （ 457.5 ± 15.4）μg/mL ）; 11-β-羥番類脫氫酶抑制劑；cAMP 磷酸二酯酶抑制劑 （ in vitro, IC50 = 84μmol/L ）；促進柔紅霉素和長春花堿的細(xì)胞毒作用；促進皮質(zhì)酮血漿分泌（ ED50 = 112pmol/kg ）;調(diào)節(jié)腎功能 和抑制腎小球再生；血管擴張劑；抗痛覺活性（ i.t. 注射 0.7μg 物質(zhì) -P 誘導(dǎo)的疼痛模型，EC = 50μg i.t. ）[5474]；保肝（ 抑制巨噬細(xì)胞活化，抑制 sALT 和 sAST 水平的升高，in vivo，D-GalN / 脂多糖誘導(dǎo)的小鼠肝損傷，100mg/kg ip 對 sALT，抑制率= 97%; 100mg/kg ip 對 sAST，抑制率 = 93%；對照氫化可的song，20mg/kg ip 對 sALT，抑制率 = 99%；20mg/kg ip 對 sAST，抑制率 = 97% ）[4702].
Ref : 4，87，451，900，4647，4702，4757，5474.

   TCMdb 產(chǎn)品特點   

8000 種成分有藥理數(shù)據(jù) ：
200 種細(xì)胞水平抗癌模型；細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)調(diào)節(jié)機制抗炎模型；各種抗氧化模型；各種酶抑制劑模型；NO 抑制劑模型等等。

信息表達(dá)體系完整嚴(yán)格 ：
按規(guī)范全面定義了中英名稱、化學(xué)結(jié)構(gòu)、各類數(shù)值、生物活性等數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、層次及格式，使相關(guān)學(xué)科信息表達(dá)和接軌。

保證數(shù)據(jù)*性可靠性 ：
采用多種交叉驗證方法保證信息準(zhǔn)確可靠。化合物立體化學(xué)表達(dá)完整，并*實現(xiàn)了藥理數(shù)據(jù)多層次結(jié)構(gòu)規(guī)范化。
安裝簡便易用：
安裝在通用的 ISIS Base 平臺上，在 Windows 環(huán)境下運行，用戶檢索、瀏覽和輸出方便自如。同時也可方便地和 BIOVIA 等其他分子設(shè)計軟件相連接。

   TCMdb 主要功能和用途   

 • 多途徑的文字及數(shù)據(jù)檢索功能；含立體化學(xué)的二維結(jié)構(gòu)檢索功能。

 • 進行 QSAR 研究的豐富的數(shù)據(jù)源；也是用綜和方法研究中藥現(xiàn)代化的有用工具。

 • 從系統(tǒng)的中草藥有效成分結(jié)構(gòu)信息出發(fā)，發(fā)現(xiàn)新先導(dǎo)，進而創(chuàng)制新西藥的有用工具。

 • 從中草藥資源出發(fā)，研發(fā)新劑型等新中藥產(chǎn)品的有用工具。

 • 多構(gòu)象三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫可直接用于藥物設(shè)計，可用來進行基于藥效團的三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫搜尋，或是進行基于分子對接的數(shù)據(jù)庫搜尋。

從中藥設(shè)計新西藥的有用工具
研發(fā)新劑型新中藥的必留工具

能回答和中藥相關(guān)的種種問題，是管理者決策的好參謀！研發(fā)者工作的好工具！臨床者案頭的好幫手！
 - 某屬/種植物中有哪些化學(xué)成分已被分離鑒定？都有何種藥理活性？
 - 有多少化學(xué)成分做過抗癌實驗，哪些有活性?哪些沒有? IC50 值多少？
 - 以心血管藥物為研發(fā)目標(biāo)的公司應(yīng)該關(guān)注哪些中藥的研發(fā)動態(tài)？
 - 從中藥出發(fā)創(chuàng)制抗高血壓新藥，哪些資源成功希望大？
 - 開發(fā)某種新劑型中藥時，從哪些資源出發(fā)較有開發(fā)前景？
 - 已經(jīng)確定了三維藥效團，能否從中藥成分中確定先導(dǎo)化合物？
 - 有哪些結(jié)構(gòu)類型的化合物具有某種藥理活性（1000 多種選項）?
 - 黃酮類化合物有多少種藥理活性?哪些活性zui強？哪些活性譜較廣?
 - 臨床常用某種中藥材抗心律失常，其藥理學(xué)的根據(jù)何在?
 - 中藥傳統(tǒng)藥效有清熱、安神、解表、活血等，對應(yīng)的藥理學(xué)概念是什么?

   TCMdb 應(yīng)用實例   
 ♦ 從植物檢素化合物
給定一種中藥藥用植物，問該種植物都含有哪些化合物 ？ 嚴(yán)格的說法是：都有哪些化合物被從該種植物中分離并進行了結(jié)構(gòu)確定 ？TCMdb 數(shù)據(jù)庫能方便地完成這個任務(wù)。以三七為例，單擊菜單欄下方的 “Query” 按鈕，在 query 模式下激活 “植物來源” 域，鍵入 “Like “%三七%” ” 時，單擊菜單欄 “Search” 按鈕，單擊下拉菜單中的 “By Form” ，系統(tǒng)將擴展地檢出各種三七中含有的全部化合物，包括竹節(jié)三七等。

 ♦ 化合物藥理活性數(shù)據(jù)檢索
在全庫的 23033 種化合物中，8000 種化合物有藥理活性數(shù)據(jù)。這是研究 QSAR/SAR 關(guān)系的珍貴信息。用 SBF 方式，激活 “藥理活性” 域后，鍵入 “Like “%藥理關(guān)鍵字%” ” ，之后單擊菜單欄 “Search” 按鈕，單擊下拉菜單中的 “By Form” ，就得到下表中的結(jié)果。亦可采用 QB 方式，見下表中中間的三個例子：
 

注意 : 體外抗癌活性在庫中的規(guī)范表達(dá)方式是 “細(xì)胞毒” ，體內(nèi)抗癌活性在庫中的規(guī)范表達(dá)方式是 “抗腫瘤” 。觀察化合物生物活性索引中的生物活性規(guī)范表達(dá)方式對于熟練使用數(shù)據(jù)庫是有好處的。

 

 ♦ 結(jié)構(gòu)檢索
結(jié)構(gòu)及子結(jié)構(gòu)檢索是 TCMdb *的功能。這一功能的實現(xiàn)對進行 QSAR 研究，進而研發(fā)新藥提供了巨大的幫助。這里只舉出較簡單的例子：將黃酮類化合物的特征分子骨架放入 SBF 方式下的 structure 檢索域，從庫中檢出包含黃酮骨架的化合物 1101 個。具體命令見 2.2 節(jié)。用 β-D-葡萄糖的分子骨架 ( 含確切的立體化學(xué)信息 ) 提問，得到 4438 個命中化合物。其它例子見下表：
 

   TCMdb 用戶評價   
繼中文專著一一《中藥原植物化學(xué)成分集》三卷本（ ISBN978-7-03-023553-4 ）由科學(xué)出版社于 2009 年出版以后，與本數(shù)據(jù)庫內(nèi)容*匹配的英文專著一一六卷本《中藥大全-分子結(jié)構(gòu)，藥理活性，天然來源及應(yīng)用》（《Encyclopedia of Traditional Chinese medicines Molecular Structures, Pharmacological Activities, Natural Sources and Applications》，Vol 1~Vol 6，ISBN978-3-642-16734-8）已于 2011 年由 Springer 出版社在發(fā)行。但文字 / 數(shù)值 / 結(jié)構(gòu)復(fù)合型數(shù)據(jù)庫具有任何紙質(zhì)書本不可能具有的強大檢索功能，和《中藥原植物化學(xué)成分集》配合使用，相得益彰，是*的結(jié)合。

國內(nèi)中醫(yī)、中藥、藥理專家對《中藥原植物化學(xué)成分集》一書的評論摘要：

"該書為中藥的現(xiàn)代化研究搭建了一個很好的信息平臺，達(dá)到了上同類工作的*水平"

―（醫(yī)科院藥用植物所肖培根院士）

"該書內(nèi)容豐富，資料完整，反映了國內(nèi)外研究成果，對于充分利用翔國中藥資源，促進中藥現(xiàn)代 化研究，提升我國創(chuàng)新藥物研究水平，具有重要的科學(xué)價值"

―（中國藥理學(xué)會杜冠華理事長）

"該書為用綜合方法系統(tǒng)研究中藥*提供了一套兩萬種以上中藥化學(xué)成分的數(shù)據(jù)集合，在理論層面上對 臨床實踐有皿參考價值"。

―（中醫(yī)*翁維良*研究員）

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