羥甲基化DNA免疫共沉淀測序(hMeDIP-Seq)

5hmC是新發(fā)現(xiàn)的一種的修飾堿基，由TET家族的酶通過氧化5mC產(chǎn)生的。5hmC不僅能夠降低MeCP蛋白的甲基化結(jié)合結(jié)構域(MBD) 與甲基化DNA的親和性，具有潛在的參與基因表達調(diào)控的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)功能，而且參與了DNA去甲基化過程。

羥甲基化DNA免疫沉淀測序（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，hMeDIP-Seq）是通過運用5'-羥甲基胞嘧啶特異性抗體富集羥甲基化的DNA pian段，然后結(jié)合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。

技術優(yōu)勢：

1、檢測范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域；

2、針對性強：針對性檢測基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域；

3、成本低：大大降低了測序數(shù)據(jù)量，測序成本低。

實驗策略：

信息分析：

技術參數(shù)：

研究案例：

小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究

Wu H,et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in tranｓcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.

1、背景：研究證實TET家族蛋白可以催化5mC轉(zhuǎn)化為5hmC。5mC已經(jīng)被廣泛研究，但對5hmC的分布和功能知道的還很少。

2、方法：利用hMeDIP-seq測序技術對小鼠胚胎干細胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC進行研究。

3、結(jié)論：5hmC在轉(zhuǎn)錄活性高的基因的gene bodies區(qū)域和受到Polycomb抑制的發(fā)育調(diào)節(jié)因子的啟動子區(qū)域；5hmC可能在基因表達調(diào)控中起著激活和抑制的雙重功能。

5hmC在全基因組的分布