聯(lián)系電話
- 聯(lián)系人:
- 曹女士
- 電話:
- 400-6111-883
- 手機(jī):
- 售后:
- 4006-111-883
- 傳真:
- 86-21-34615995
- 地址:
- 上海市浦東新區(qū)天雄路166弄1號(hào)3樓
- 網(wǎng)址:
- www.yeasen.com
掃一掃訪問手機(jī)商鋪
遺傳中心法則表明,DNA是生物體內(nèi)遺傳信息的載體。遺傳信息在精密的調(diào)控下從DNA轉(zhuǎn)錄成RNA,再傳遞到蛋白質(zhì)。因此RNA被認(rèn)為是DNA與蛋白質(zhì)之間生物信息傳遞的“橋梁”,在研究轉(zhuǎn)錄組信息中占有著重大的作用。
背景介紹
轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)是指在某一特定的生理?xiàng)l件下,細(xì)胞、組織或者生物體內(nèi)所有的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合,即轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA總和,包括編碼RNA(即mRNA)和ncRNA(tRNA、rRNA、miRNA、lncRNA、circRNA)等不同類型的RNA分子。在這之中核糖體RNA (rRNA) 約占RNA總量的 80%,是多的一類RNA,通常這類RNA分子量比較大且代謝不活躍,種類包括:原核生物中5S rRNAs、16S rRNAs和23S rRNAs三種,真核生物中5S rRNAs、5.8S rRNAs、18S rRNAs和28S rRNAs四種。
圖1:RNA分類圖
rRNA的“作用”
隨著人類基因組計(jì)劃(HGP)和DNA元件百科全書計(jì)劃(ENCODE)的完成,人們發(fā)現(xiàn)在人類基因組中大部分DNA都可以轉(zhuǎn)錄成RNA,但是僅有1.5%的核苷酸序列用于蛋白質(zhì)的編碼,剩余不編碼蛋白質(zhì)的的非編碼RNA(ncRNA),被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄噪音。這種轉(zhuǎn)錄組噪音(無(wú)效信息)基本全部來(lái)源于豐度zui高的成員——rRNA。
測(cè)序的目的就是為了更多的獲得生物信息,但是rRNA這個(gè)在RNA中zui豐富的成員卻只能提供非常少的轉(zhuǎn)錄本的信息,且檢測(cè)到過多的rRNA會(huì)掩蓋其它基因的表達(dá)豐富度;因此,通常在測(cè)序之前從RNA樣品中除去rRNA,rRNA去除的效率也被視為zui大化讀取到轉(zhuǎn)錄物的關(guān)鍵因素。
圖2:人類組織或細(xì)胞總RNA中各種RNA分布餅狀圖
rRNA的“去除法”
目前rRNA去除的方法主要有兩種,一種是通過DNA探針或者RNA探針雜交捕獲rRNA再用磁珠吸附去除的方法,這種方法稱為Ribo-Zero-seq;另一種是利用雙鏈特異性核酸酶處理的方法提取mRNA,稱為DSN-seq。兩種方法對(duì)應(yīng)的原理與區(qū)分如下所示:
方法一(DSN-seq)
去除流程:特異性探針(區(qū)分物種)與rRNAs雜交——RNase H消化rRNAs——DNase I消化探針——其他RNA富集純化
占比:在市場(chǎng)現(xiàn)有品牌中占據(jù)絕大多數(shù)
優(yōu)勢(shì):樣本起始量要求低;rRNA殘留量更低
缺點(diǎn):其操作較復(fù)雜;暫無(wú)混合樣本效果驗(yàn)證;
流程圖:
方法二(Ribo-Zero-seq)
去除流程:生物素標(biāo)記探針與rRNAs雜交——鏈霉親和素磁珠去除探針與rRNAs——其他RNA富集純化
占比:Illumina RiboZero與Thermo RiboMinus系列使用該方法
優(yōu)勢(shì):磁珠法,操作簡(jiǎn)單;可應(yīng)用于混合樣本;
缺點(diǎn):樣本起始量要求高(一般為1 μg);rRNA殘留量相對(duì)方法1略高;
流程圖:
更多關(guān)于rRNA去除方法請(qǐng)點(diǎn)擊NGS mRNA建庫(kù)*攻略—從mRNA純化到注意事項(xiàng)
rRNA的“高效去除”
Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)利用RNase H消化法去除人、小鼠、大鼠總RNA中的核糖體RNA。該試劑盒對(duì)于完整和部分降解的總RNA(如FFPE RNA)均具有良好的rRNA去除效果??捎糜诟咄繙y(cè)序分析mRNA和非編碼RNA,也可用于cDNA合成或其它下游應(yīng)用。
圖3:1μg 293T 總RNA 進(jìn)行 rRNA 去除,利用 qPCR 對(duì)比去除前后 rRNA 基因和 mRNA 基因的Ct值變化(左圖)
分別以1μg 人、小鼠、大鼠總RNA為樣本,試劑盒去除rRNA后建庫(kù),測(cè)序獲得rRNA殘留%數(shù)據(jù)(右圖)
產(chǎn)品信息:
產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | *格(元) |
Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | 12253ES08 | 8T | 2530 |
12253ES24 | 24T | 9090 | |
12253ES96 | 96T | 29890 |
參考文獻(xiàn):
- Adiconis X , Borges-Rivera D , Satija R , et al. Corrigendum: Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples[J]. Nature Methods, 2014, 11(2):210-210.
- Zhao W , He X , Hoadley K A , et al. Comparison of RNA-Seq by poly (A) capture, ribosomal RNA depletion, and DNA microarray for expression profiling[J]. Bmc Genomics, 2014, 15(1).
- Petrova O E , Garcia-Alcalde F , Zampaloni C , et al. Comparative evaluation of rRNA depletion procedures for the improved analysis of bacterial biofilm and mixed pathogen culture transcriptomes[J]. Scientific Reports, 2017, 7:41114.