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干貨 | 基因編輯探秘系列之在細胞與基因治療領(lǐng)域的應用

2024-6-26  閱讀(150)

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2023年11月16日,Vertex Pharmaceuticals和CRISPR Therapeutics共同宣布基因編輯療法產(chǎn)品CASGEVY™(Exagaglogene autotemcel)獲英國藥品監(jiān)管機構(gòu)MHRA有條件批準上市,用于治療治療鐮狀細胞病(SCD)和輸血依賴性β-地中海貧血(TDT),是獲批上市的CRISPR基因編輯藥物,12月8日,美國食品和藥物管理局(FDA)也批準了該基因編輯治療藥物。這是基因編輯治療里程碑事件,代表著一項重大的科學進步可以讓數(shù)以萬計的患者受益。

 


圖1. CASGEVY™治療流程(Source:CRISPR Therapeutics)

 

CRISPR基因編輯療法

自2012年亮相以來,CRISPR技術(shù)已在基因功能研究、藥物靶點篩選、遺傳疾病治療、癌癥研究以及作物育種等多個領(lǐng)域取得突破性成果。其工作機制如下:

 

Cas蛋白(如常用的Cas9)在gRNA的引導下定位到目標DNA序列,隨后Cas9與DNA結(jié)合并切割其雙鏈,產(chǎn)生一個雙鏈斷裂(DSB)。細胞為了修復這一斷裂,將啟動自身的修復機制,如非同源末端連接(NHEJ)或同源重組修復(HDR)。通過這些修復過程,可以在目標DNA中引入特定的序列。

 

目前CRISPR技術(shù)能精確度對DNA進行修改,包括添加、刪除或替換特定基因片段,這一進步不僅使基因修復更加便捷和精準,也為基因治療指明了新的發(fā)展方向。基于CRISPR技術(shù)的基因治療主要分為體外和體內(nèi)兩種形式,下面將為大家詳細介紹。

 

圖2. 體外與體內(nèi)基因編輯療法[1]

 

 

體外基因編輯療法

體外CRISPR基因編輯療法主要包括從患者身上收集細胞、在體外進行進行CRISPR基因編輯、將編輯后的細胞移植回患者體內(nèi)等流程,上述介紹的CASGEVY™便是典型的體外CRISPR基因編輯療法。除了直接利用CRISPR技術(shù)糾正導致癌癥的基因突變外,該技術(shù)在癌癥治療領(lǐng)域的另一關(guān)鍵應用是免疫細胞的工程化改造,如創(chuàng)建嵌合抗原受體T細胞(CAR-T)、通用型CAR-T(UCAR-T)等抗癌免疫療法。

 

CAR-T療法是通過改造患者自體T細胞,使T細胞表面表達針對特定癌癥抗原的嵌合抗原受體(CAR),通過CAR特異性識別體內(nèi)腫瘤細胞,并釋放大量的多種效應因子,高效地殺滅腫瘤細胞。然而,CAR-T療法在實際應用中仍面臨一些挑戰(zhàn),包括較長的制備周期、自體T細胞質(zhì)量的不穩(wěn)定性以及相對較高的治療成本,這些因素限制了其更廣泛的應用。

 

圖3. CAR-T療法流程圖[2]

 

為了突破傳統(tǒng)CAR-T療法的限制,UCAR-T療法,即通用型CAR-T或異體CAR-T應運而生。這種療法使用健康捐獻者的T細胞作為原料,通過病毒載體等技術(shù)將CAR基因?qū)隩細胞,并運用基因編輯技術(shù)去除T細胞表面的TCR、HLA或CD52等分子,以預防供體T細胞引發(fā)的移植物抗宿主?。℅vHD)并降低患者對異體細胞的排異反應(HvGR)。經(jīng)過這一系列精細的改造和擴增過程,UCAR-T細胞被制備成可用于治療患者的成熟產(chǎn)品。

 

圖4. UCAR-T療法流程[3]

 

UCAR-T療法流程:

 
01
 

供者篩選

選擇健康供者進行T細胞的采集。

02
 

CAR的引入

利用病毒載體或非病毒方法將CAR基因轉(zhuǎn)入T細胞,使其能夠特異性識別腫瘤細胞表面的抗原。

03
 

基因編輯

使用CRISPR/Cas、TALENs或ZFNs等基因編輯技術(shù),敲除T細胞表面的TCR、HLA或其他可能導致免疫排斥的分子,以降低異體反應。

04
 

體外擴增

在實驗室條件下對改造后的T細胞進行大量擴增,以獲得足夠的細胞數(shù)量用于治療。

05
 

質(zhì)量控制

對擴增后的UCAR-T細胞進行嚴格的質(zhì)量檢測,包括細胞活性、純度、無菌性等。

06
 

患者篩選和準備

確定患者是否適合接受UCAR-T治療,并進行一些預處理,以減少宿主對UCAR-T的排斥。

07
 

細胞輸注

將UCAR-T細胞通過靜脈輸注到患者體內(nèi)。

 

CRISPR基因編輯的體外療法涉及從患者體內(nèi)提取細胞,在實驗室環(huán)境中進行基因修改,然后將經(jīng)過編輯的細胞重新輸回患者等過程。這種方法適用于某些關(guān)鍵類型的細胞,如造血干細胞(HSC),但并不適用于所有種類的細胞。另一種基因編輯療法是直接在體內(nèi)進行的基因編輯,無需細胞提取和體外操作的步驟,可直接在患者的體內(nèi)進行基因編輯。這種方法易于批量生產(chǎn),給藥方式簡單,能顯著降低治療成本,還能為難以進行細胞提取或體外培養(yǎng)的疾病提供治療可能。

 

 

體內(nèi)CRISPR基因編輯療法

體內(nèi)基因編輯療法主要通過將基因編輯工具直接輸送至患者體內(nèi),在體內(nèi)環(huán)境中對引發(fā)疾病的特定基因進行精確且有效的修改。目前已用于體內(nèi)基因編輯治療的基因編輯工具有3類:核酸酶(Nucleases)、堿基編輯器(Base editors)及先導編輯器(Prime editors)。

 

圖5. 體內(nèi)基因編輯療法原理圖[4]

 

在哺乳動物細胞中,通常利用核酸酶在基因組DNA的特定位置引入DSB實現(xiàn)有效的基因編輯,其中,CRISPR-Cas核酸酶系統(tǒng)因其高效性和精確性而成為創(chuàng)建定向DSB廣泛的應用工具。CRISPR-Cas核酸酶系統(tǒng)體內(nèi)基因編輯流程如下:

 

 
01
 

gRNA設(shè)計及合成

設(shè)計特異性的導向RNA(gRNA)以靶向特定的DNA序列。

02
 

Cas蛋白遞送形式選擇

選擇合適的基因編輯形式,如質(zhì)粒DNA(pDNA)、mRNA或Cas核糖核蛋白(RNP)。

03
 

遞送系統(tǒng)的選擇與優(yōu)化

選擇合適的遞送系統(tǒng),如腺相關(guān)病毒(AAV)、脂質(zhì)納米顆粒(LNP)、病毒樣顆粒(VLP)等。

04
 

體內(nèi)送達

將基因編輯復合體通過靜脈注射、局部注射或其他方式遞送到患者體內(nèi)。

05
 

基因編輯

在目標細胞內(nèi),gRNA引導Cas蛋白識別并結(jié)合到目標DNA序列。Cas蛋白在目標位點造成DNA雙鏈斷裂(DSB)。

06
 

DNA修復

細胞通過自身的DNA修復機制,對斷裂的DNA進行修復。

07
 

監(jiān)測與評估

監(jiān)測基因編輯效果,評估脫靶效應和治療效果。通過生物標志物和臨床指標評估安全性和有效性。

 

圖6. 核酸酶作用原理圖[1]

 

來源于化膿性鏈球菌(Streptococcus pyogenes)的SpCas9蛋白是目前最為常用的一種Cas蛋白,然而,由于SpCas9潛在的脫靶效應和尺寸限制等問題,研究人員持續(xù)探索其他類型的Cas蛋白,如Cas12和Cas13,以期找到更小、更精確的Cas蛋白。同時,通過蛋白質(zhì)工程技術(shù)對Cas蛋白進行改造也是當前研究的重點之一。這些改造旨在提高基因編輯的效率、減少脫靶率并優(yōu)化編輯窗口,從而進一步擴展CRISPR技術(shù)在基因治療等領(lǐng)域的應用潛力。

 

目前CRISPR基因編輯技術(shù)仍處于高速發(fā)展階段,整個行業(yè)尚未成熟,隨著技術(shù)的不斷進步,預計會有更多的遞送技術(shù)得到改進,新的傳遞工具也將誕生,從而進一步提高治療的安全性和效果。體外CRISPR基因編輯療法已上市,相信體內(nèi)療法也會在不久的將來問世。

 

 

基因編輯相關(guān)產(chǎn)品

 

編輯類型

產(chǎn)品分類

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

體外編輯(研究級)

Cas9蛋白

Cas9 Nuclease

14701ES

Cas12a蛋白

ArCas12a Nuclease

14702ES

Cas12b蛋白

AapCas12b Nuclease

14808ES

sgRNA合成

Hifair® Precision sgRNA Synthesis Kit

11355ES

表達鑒定

Cas9(CRISPR Associated Protein 9) ELISA Kit

99401ES

體內(nèi)編輯

(GMP級)

內(nèi)切酶

BspQI GMP-grade (10 U/μL)

10664ES

Bsa I GMP-grade (20 U/μL)

10661ES

T7 RNA Polymerase

T7 RNA Polymerase GMP-grade (50 U/μL)

10624ES

無機焦磷酸酶

Pyrophosphatase,Inorganic GMP-grade

10620ES

RNase抑制劑

Murine RNase inhibitor GMP-grade  

10621ES

牛痘病毒加帽酶

mRNA Vaccinia Capping Enzyme GMP-grade

10614ES

Cap2氧甲基轉(zhuǎn)移酶

mRNA Cap 2'-O-Methyltransferase GMP-grade

10612ES

 

參考文獻:

[1]Pacesa M, Pelea O, Jinek M. Past, present, and future of CRISPR genome editing technologies. Cell. 2024;187(5):1076-1100.

[2]Mohanty R, Chowdhury C R, Arega S, et al. CAR T cell therapy: A new era for cancer treatment[J]. Oncology reports, 2019, 42(6): 2183-2195.

[3] Depil S, Duchateau P, Grupp SA, Mufti G, Poirot L. 'Off-the-shelf' allogeneic CAR T cells: development and challenges. Nat Rev Drug Discov. 2020;19(3):185-199.

[4] Raguram A, Banskota S, Liu DR. Therapeutic in vivo delivery of gene editing agents. Cell. 2022;185(15):2806-2827.

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