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Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit
——文庫(kù)轉(zhuǎn)化率高達(dá)60%，極其適用FFPE、cfDNA樣本
DNA 文庫(kù)構(gòu)建是NGS樣本制備的核心環(huán)節(jié)。文庫(kù)質(zhì)量直接影響測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量——如mapping rate、coverage、complexity、bias等。要想獲得好的文庫(kù)，必須選擇好的建庫(kù)試劑盒，而建庫(kù)試劑盒的關(guān)鍵，在于其文庫(kù)轉(zhuǎn)化率，即DNA雙端接頭連接效率，因?yàn)?/span>只有雙端連接成功的DNA，才能夠被有效擴(kuò)增zui終成為測(cè)序模板。
產(chǎn)品特點(diǎn)
Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit for Illumina®，采用高質(zhì)量的酶學(xué)組成，改進(jìn)型接頭連接技術(shù)，以及具有強(qiáng)擴(kuò)增效率的高保真酶，顯著提高文庫(kù)轉(zhuǎn)化率與擴(kuò)增效率，助理完成更好。
1. 文庫(kù)轉(zhuǎn)化效率高達(dá)60%
文庫(kù)轉(zhuǎn)化率，即DNA樣本雙端接頭連接效率。只有雙端連接成功的DNA，才能夠被有效擴(kuò)增zui終成為測(cè)序模板。
圖1 Agilent 2100 檢測(cè)350bp平末端DNA單端和雙端連接產(chǎn)物峰。
0：350bpDNA峰、1：?jiǎn)味私宇^連接產(chǎn)物峰、2：雙端接頭連接產(chǎn)物峰。測(cè)試基于各公司的標(biāo)準(zhǔn) protocol進(jìn)行。
圖2 接頭連接效率百分比（%）。
對(duì)圖1峰面積進(jìn)行積分后的定量結(jié)果顯示Hieff NGS™ MaxUp II Kit 的雙端連接效率可達(dá)60%。
2. 不同GC樣本，擴(kuò)增效率測(cè)試
Hieff NGS™ MaxUp II Kit中使用具有強(qiáng)擴(kuò)增效率的Super CanaceTM High-Fidelity Mix用于文庫(kù)擴(kuò)增。以1 ng GC含量分別為38%、50%、70%的400 bp DNA為起始樣本，12 cycles擴(kuò)增，Qubit檢測(cè)不同試劑盒所得產(chǎn)物濃度，Super Canace表現(xiàn)。
表1 擴(kuò)增模塊效率比較。
產(chǎn)品名稱 | GC 38% (ng) | GC 50% (ng) | GC 70% (ng) |
Super CanaceTM High-Fidelity Mix | 25.6 | 18 | 17.1 |
K*-HiFi mix | 15.8 | 16.7 | 21.1 |
3. FFPE、cfDNA樣本, 文庫(kù)產(chǎn)量測(cè)試
Hieff NGS™ MaxUp II Kit以FFPE和cfDNA為起始樣本建庫(kù)，相對(duì)同類型試劑盒品牌 K*，在相同擴(kuò)增循環(huán)數(shù)下，獲得更多文庫(kù)產(chǎn)量。
表2 FFPE、cfDNA樣本文庫(kù)產(chǎn)量比較。
樣本 | 100 ng FFPE | 5 ng cfDNA | ||
7 cycles (ng) | 10 cycles (ng) | 9 cycles (ng) | 12 cycles (ng) | |
MaxUP II | 400 | 2000 | 120 | 1200 |
K* 品牌 | 150 | 1100 | 100 | 1080 |
注：FFPE樣本來(lái)自小鼠肺蠟塊，固定時(shí)間6個(gè)月；cfDNA樣本來(lái)源于血漿。
4. 無(wú)偏好性的測(cè)序質(zhì)量
在不同GC含量樣本中，使用Hieff NGS™ MaxUP II Kit均能獲得堿基質(zhì)量好且覆蓋度均一的測(cè)序數(shù)據(jù)。
表3 不同GC樣本測(cè)序數(shù)據(jù)
樣本 | Mapped Reads (%) | Coverage (%) | ||||
Average | 5× | 10× | 15× | 20× | ||
蠟狀芽孢桿菌（GC 34%） | 93.8 | 99.644 | 99.643 | 99.641 | 99.639 | 99.638 |
大腸桿菌（GC 51%） | 92.7 | 93.057 | 92.782 | 92.687 | 92.625 | 92.579 |
嗜鹽桿菌（GC 65%） | 94.2 | 99.598 | 99.028 | 98.391 | 97.885 | 97.419 |
蠟狀芽孢桿菌（GC 34%） 大腸桿菌（GC 51%） 嗜鹽桿菌（GC 65%）
圖3 不同GC含量樣本測(cè)序偏好性圖譜。
5. 2.5小時(shí)內(nèi)
表現(xiàn)如此，使用起來(lái)也非常方便哦!
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產(chǎn)品 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 價(jià)格（元） |
Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit for Illumina® | 12200ES08/24/96 | 8/24/96libraries | 2456/6486/23567 |
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