詳細(xì)介紹
可調(diào)式易錯(cuò)PCR試劑盒易錯(cuò) PCR(error-prone PCR)是利用 Taq DNA 多聚酶不具有 3′→5′校對(duì)功能的特性,在一定條件下(如不同的 dNTP 濃度、Mg 濃度和 MnCl2存在)能夠按較高
的機(jī)率引入隨機(jī)引入突變。如果有適當(dāng)?shù)倪x擇方法,則可從構(gòu)建的突變庫(kù)選出所需突變
體。易錯(cuò) PCR 和常規(guī) PCR 的比較如下:
可調(diào)式易錯(cuò)PCR試劑盒是在本公司的易錯(cuò) PCR 試劑盒基礎(chǔ)上改進(jìn)而得,本產(chǎn)品具有下列特點(diǎn):
1. 即開即用,十分簡(jiǎn)單方便,尤其在生物制藥和酶學(xué)研究領(lǐng)域顯示出了它的*性。
2. 配方經(jīng)過(guò)精心優(yōu)化,實(shí)驗(yàn)人員在一定范圍內(nèi)可以控制突變率,一輪 PCR 的突變率
范圍在 2-8 突變/1000bp,更高的突變率可以通過(guò)多輪 PCR 達(dá)到。
3. 可用于連續(xù)易錯(cuò) PCR(sequential error-prone PCR),只需把上一次易錯(cuò) PCR
的產(chǎn)物用作下一次易錯(cuò) PCR 的模板即可,使每一次獲得的小突變累積而產(chǎn)生重要
的有益突變。
4. 可以擴(kuò)增的 DNA 片段更長(zhǎng),達(dá)到 3kb,對(duì)于 3kb 以上的產(chǎn)物,建議分段擴(kuò)增。
規(guī)格及成分 成 份 編 號(hào) 100 次塑料袋包裝
Taq DNA 聚合酶(5U/uL) 51206 100 uL
易錯(cuò) PCR Mix 2.0,10× 160903A 300 uL
易錯(cuò) PCR dNTP 2.0,10× 160903B 300 uL
易錯(cuò) PCR MnCl2 160903C 300 uL
易錯(cuò) PCR dGTP 160903D 300 uL
超純水 100935 1 mL
使用手冊(cè) 1 份
運(yùn)輸及保存 低溫運(yùn)輸,-20℃保存, 有效期為一年。
自備試劑 引物、DNA 模板。
使用方法 1. 將模板 DNA 稀釋到 1ng/uL。將引物稀釋到 10uM。注意:引物是決定易錯(cuò) PCR
成敗的關(guān)鍵因素,設(shè)計(jì)引物時(shí)要保證其 Tm 在 70℃,長(zhǎng)度在 25-30nt 之間,GC
含量在 45%-60%之間,3 端 GC 含量低,并且沒(méi)有發(fā)夾結(jié)構(gòu)。
2. 根據(jù)每 1000bp 的預(yù)期突變數(shù)按下表確定易錯(cuò) PCR 的反應(yīng)條件中 MnCl2和 dGTP
的用量。表中的 A 表示易錯(cuò) PCR 的 MnCl2
, B 表示易錯(cuò) PCR 的 dGTP:
預(yù)期突變數(shù) 2 個(gè) 3 個(gè) 4 個(gè) 5 個(gè) 6 個(gè) 7 個(gè) 8 個(gè)
A 的用量(uL) 0 1.0 2.5 4.0 4.0 4.0 4.0
B 的用量(uL) 0 0 0 1.0 2.0 3.0 4.0
3. 以 30 uL 的標(biāo)準(zhǔn) PCR 反應(yīng)體系為例,如果反應(yīng)體系不是 30 uL,各成分需要按等
比例增加或減少。在一干凈的 PCR 管中,加入下列成分(注意:可以先計(jì)算出超
純水的用量,優(yōu)先加水):
成分 用量
超純水 根據(jù)第 2 步加
易錯(cuò) PCR Mix, 10× 3 uL
易錯(cuò) PCR dNTP, 10× 3 uL
易錯(cuò) PCR MnCl2 根據(jù)上步
易錯(cuò) PCR dGTP 根據(jù)上步
自備 DNA 模板(1 ng/uL) 1 uL
自備 PCR 引物(10 uM each) 1 uL each
Taq DNA 聚合酶(5U/uL) 1 uL
4. 按已經(jīng)優(yōu)化的 PCR 條件進(jìn)行一定循環(huán)數(shù)的 PCR(循環(huán)數(shù)與突變率的關(guān)系見(jiàn)下表),
然后取 5 uL 電泳檢查。如果沒(méi)有優(yōu)化的 PCR 條件,一般可以先嘗試下面的 PCR
條件(對(duì) 1Kb 長(zhǎng)的模板而言):
PCR 前變性 94℃ 3 分鐘
易錯(cuò) PCR(循環(huán) 30 次)
94℃ 1 分鐘
45℃ 1 分鐘
72℃ 1 分鐘
注:易錯(cuò) PCR 一般不需要熱啟動(dòng),也不需要在 PCR 結(jié)束后做延伸處理。長(zhǎng)度每增
加 1Kb,時(shí)間延長(zhǎng) 1 分鐘。易錯(cuò) PCR 循環(huán)次數(shù)決定每個(gè)核苷酸位置的突變幾率,進(jìn)而
決定每個(gè) PCR 產(chǎn)物可能的突變位點(diǎn)數(shù),所以所需循環(huán)數(shù)由客戶根據(jù)需要改動(dòng)。
5. 電泳檢測(cè)是否得到預(yù)計(jì)長(zhǎng)度的 PCR 產(chǎn)物。
6. 克隆片段進(jìn)行功能篩選、或者克隆后進(jìn)行測(cè)序分析突變率、或者用此輪 PCR 的產(chǎn)
物為模板,進(jìn)行下一輪的易錯(cuò) PCR。
疑難解答
Q:現(xiàn)象:沒(méi)有 PCR 產(chǎn)物。
A:可能原因:一是引物沒(méi)有優(yōu)化,可以重新設(shè)計(jì)引物;二是模板 DNA 太少,可以增加
用量;三是模板不純,zui先膠回收;四是溶解 DNA 的溶液中有 EDTA,降低了
PCR 反應(yīng)體系的 Mg 離子濃度,可以適當(dāng)補(bǔ)加 Mg 離子。
Q:現(xiàn)象:太多的 PCR 條帶或 PCR 條帶模糊一片。
A:可能原因:一是 PCR 循環(huán)數(shù)太多;二是復(fù)性溫度太低;三是延伸時(shí)間太長(zhǎng);四是引
物沒(méi)有優(yōu)化,可以重新設(shè)計(jì)引物;五是 PCR 條件沒(méi)優(yōu)化,可以使用 touch-down
PCR;六是模板有其他 DNA 污染;七是 DNA 模板質(zhì)量不高或者濃度太高。
Q: 如果需要更高的突變率,如何辦?
A: 可以使用連續(xù)多次易錯(cuò) PCR 來(lái)提高突變率。但zui先用膠純化回收 PCR 片段,再用
于下一輪易錯(cuò) PCR。此外不能用少于千分之一的*次 PCR 產(chǎn)物作為第二輪易錯(cuò)
PCR 的模板,否則多樣性將受到影響。第三輪易錯(cuò) PCR zui使用所有第二輪的 PCR
產(chǎn)物作為模板,但需要在 10mL 體系中完成(可以分成很多 100uL 體系進(jìn)行)。
關(guān)聯(lián)產(chǎn)品 易錯(cuò)PCR試劑盒(CAT#:101005-100)
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