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正置顯微鏡在各行業(yè)的應用相對普遍，大部分我們見到的顯微鏡都是正置顯微鏡。倒置顯微鏡之前常用于生物細胞研究的領域，近年來在工業(yè)行業(yè)也流行起來。
正置顯微鏡操作原理是物鏡鏡頭向下，樣品放在物鏡下方的載物臺上，觀察時成像為正像，這對使用者的觀察與辨別帶來了極大的方便，符合人類的日常習慣。不過載物臺和物鏡之間的距離控制有限，使用正置顯微鏡的過程中，樣品厚度不能過厚，一般在2cm以內。若是樣品厚度超過2cm，則可能無法放置到載物臺，或者超出焦距范圍而無法焦距成像。
而倒置顯微鏡可以避免這樣的問題。倒置顯微鏡與正置顯微鏡相反，物鏡鏡頭是從下往上觀察樣品，光學工件都在載物臺的下方，試樣放在物鏡上方。則樣品和載物臺之間工作距離更大。
并且正置顯微鏡的試樣大小限制在平均高度80mm，重量3kg（該范圍取決于所用物鏡）。倒置顯微鏡沒有這種限制。倒置顯微鏡的工作距離大，可用作于重達30kg的大型樣品，并可連續(xù)觀察多個樣品，不用重復正置顯微鏡調焦的復雜程序。所以倒置顯微鏡也越來越廣泛應用于工業(yè)產(chǎn)品。
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