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為了系統(tǒng)的剖析Greek island的相互作用,作者探討了這些增強(qiáng)子核心序列的作用。在mOSNs的原位Hi-C中, islands H(2kb)、Lipsi(1kb)和Sfaktiria (0.6 kb)的純合子缺失,在包含這些缺失的基因組bins和剩余的Greek islands之間反式相互作用減少,這種效應(yīng)延伸至較寬的基因組距離(圖2a-c)。值得注意的是,積累的反式Greek island接觸減少與在細(xì)胞中觀察到的OR基因的轉(zhuǎn)錄下調(diào)相關(guān)圖2c)。小至0.6 kb的DNA在數(shù)百個(gè)堿基上協(xié)調(diào)基因組接觸,類(lèi)似于ZIP元素影響酵母菌或Igk增強(qiáng)子的核定位,從而影響了pre-B細(xì)胞中免疫球蛋白位點(diǎn)的定位。三重增強(qiáng)子刪除對(duì)集群的影響表明,這些額外的序列參與OR集群之間的交互。
3. 蛋白質(zhì)的區(qū)域化調(diào)節(jié)
接下來(lái),作者研究了Greek-island-bound結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子在ORs區(qū)隔中的作用,在水平基底細(xì)胞(HBCs)中刪除LHX2,然后用甲基咪唑誘導(dǎo)這些細(xì)胞分化,以TdTomato強(qiáng)度為標(biāo)記,鑒定了細(xì)胞群體,其中暗的是由HBC-衍生的INPs和mOSNs組成。熒光活化細(xì)胞FAC-sorted的RNA測(cè)序(RNA-seq)結(jié)果顯示,LHX2的早期缺失導(dǎo)致嗅覺(jué)神經(jīng)元(OSN)譜系發(fā)育遲緩,INP-特異性標(biāo)志物增多。考慮到分化缺陷和可能的細(xì)胞標(biāo)識(shí)變化,F(xiàn)AC-sorted細(xì)胞反式OR和反式 Greek island 接觸明顯減少(圖3a-d)。在早期的LHX2敲除細(xì)胞中,染色體間相互作用的頻率仍然很高,但在1000個(gè)錐蟲(chóng)的反式接觸中OR-OR接觸僅占16%。在mOSNs中LHX2的晚期缺失也減少了反式OR接觸,但沒(méi)有早期缺失多(圖3a, c)。LHX2的缺失使Greek islands之間的反式接觸和遠(yuǎn)距離順式接觸減少(圖3b, d),與OR下調(diào)相*。