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技術(shù)文章

SNAP-ChIP ® Spike-in Controls 如何工作?

閱讀:894          發(fā)布時(shí)間:2021-6-25

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SNAP-ChIP ®

認(rèn)證抗體

您可以信賴的 ChIP 抗體

抗體選擇是研究人員在設(shè)計(jì) ChIP 實(shí)驗(yàn)時(shí)必須做出的最重要的決定,但嚴(yán)格的抗體驗(yàn)證既昂貴又耗時(shí)。在 EpiCypher,我們認(rèn)識(shí)到這一挑戰(zhàn),并已著手進(jìn)行大量工作來分析和鑒定性能最高的 ChIP 抗體。

 

 

SNAP-ChIP ®認(rèn)證抗體使用 EpiCypher 專有的SNAP-ChIP ®摻入 技術(shù)進(jìn)行測(cè)試,提供針對(duì)特定核小體底物的強(qiáng)大應(yīng)用內(nèi)抗體驗(yàn)證。這種嚴(yán)格的測(cè)試可確保在您的 ChIP 實(shí)驗(yàn)中發(fā)揮可靠的性能。

 

低交叉反應(yīng)性知識(shí)產(chǎn)權(quán)效率高廣泛的批量測(cè)試定期添加新抗體

 

SNAP-ChIP ® Spike-in Controls 如何工作?

SNAP-ChIP 摻入是 DNA 條形碼重組核小體的集合,可直接添加到 ChIP 實(shí)驗(yàn)中以評(píng)估抗體特異性和效率。

 

IP 之前,spike-ins 被添加到標(biāo)準(zhǔn)的 ChIP 工作流程中。PTM 特異性 DNA 條形碼的回收率由 qPCR 或下一代測(cè)序確定,揭示脫靶相互作用和富集(與摻入的輸入染色質(zhì))。

SNAP-ChIP:使用核小體鑒定 ChIP 抗體的平臺(tái)

抗體特異性

SNAP-ChIP ®認(rèn)證抗體經(jīng)過特異性(即交叉反應(yīng)性;左 y 軸)和富集(即回收率、效率;右 y 軸)測(cè)試,SNAP-ChIP 認(rèn)證抗體與相關(guān)抗體的交叉反應(yīng)性低于 20% PTM(藍(lán)色條)并從輸入染色質(zhì)(綠色條)中恢復(fù)至少 5% 的目標(biāo) PTM。

 

不符合這些標(biāo)準(zhǔn)的抗體(參見“失敗”圖)不適合 ChIP-seq,使用時(shí)應(yīng)格外小心,因?yàn)樗鼈兛赡軙?huì)導(dǎo)致不正確的生物學(xué)解釋。

為什么核小體環(huán)境很重要?

使用 SNAP-ChIP 摻入對(duì)照,我們發(fā)現(xiàn):

 

常用的組蛋白 PTM 肽陣列不能預(yù)測(cè) ChIP 中的抗體性能(Shah et al. Mol. Cel 2018)。

許多被高度引用的抗體與相關(guān)標(biāo)記發(fā)生交叉反應(yīng),導(dǎo)致錯(cuò)誤的生物學(xué)解釋( Shah et al. 2018 and Lam et al. 2019)。

生產(chǎn)批次之間的抗體特異性可能會(huì)有很大差異(請(qǐng)參閱我們的博客)。

SNAP-ChIP ® Spike-In 控制面板

ChIP 定義的對(duì)照。我們提供各種組蛋白 PTM 的面板,包括賴氨酸甲基化和?;?/p>

 

SNAP-ChIP ®認(rèn)證抗體

這些抗體已經(jīng)使用 SNAP-ChIP 摻入進(jìn)行了驗(yàn)證,并具有特異性和目標(biāo)富集。

 

SNAP-ChIP ®驗(yàn)證服務(wù)

讓專家?guī)兔?!借?span> SNAP-ChIP 驗(yàn)證服務(wù),EpiCypher 將幫助您找到適合您的 ChIP-seq 研究的抗體。

 

 

用于 CUT&RUN CUT&Tag CUTANA™ 檢測(cè)

高性能基因組作圖分析

用于 CUT&RUN CUT&Tag CUTANA™ 檢測(cè) 利用免疫束縛技術(shù)的最新進(jìn)展提供高效、超靈敏的染色質(zhì)定位能力。與表觀基因組分析的標(biāo)準(zhǔn)檢測(cè)方法 ChIP-seq 相比,這兩項(xiàng)激動(dòng)人心的新技術(shù)具有明顯的優(yōu)勢(shì),包括:

 

需要更少的細(xì)胞每個(gè)樣本只需要 3-5 百萬(wàn)個(gè)測(cè)序讀數(shù)改進(jìn)的信噪比顯著節(jié)省時(shí)間和成本

 

超低輸入染色質(zhì)作圖分析

CUTANA™ CUT&Tag 檢測(cè)基于免疫束縛技術(shù)的最新進(jìn)展,提供創(chuàng)新的工作流程,使用 < 5,000 個(gè)細(xì)胞對(duì)組蛋白 PTM 進(jìn)行分析。

 

CUT&Tag 是一項(xiàng)新興技術(shù),其協(xié)議正在積極開發(fā)中,包括單細(xì)胞工作流程。當(dāng)使用 < 5,000 個(gè)細(xì)胞核或細(xì)胞分析組蛋白 PTM 時(shí),這種方法是理想的。對(duì)于大多數(shù)實(shí)驗(yàn),EpiCypher 強(qiáng)烈建議使用我們強(qiáng)大的 CUTANA™ CUT&RUN 檢測(cè),該檢測(cè)兼容 5,000 500,000 個(gè)細(xì)胞,并針對(duì)各種靶標(biāo)、樣品輸入、固定條件進(jìn)行了優(yōu)化。

 

* 不建議將 CUT&Tag 用于染色質(zhì)相關(guān)蛋白 請(qǐng)改用 CUTANA CUT&RUN 檢測(cè)。

 

CUT&Tag 是如何工作的?

Ç leavage ünDer ?具體目標(biāo)和標(biāo)記心理狀態(tài)(CUT&標(biāo)記)是一種新型的immunotethering測(cè)定中,基于切割下目標(biāo)和推出使用核酸酶(CUTRUN)方法。

 

CUT&Tag 中,蛋白 A、蛋白 G Tn5 轉(zhuǎn)座酶的融合用于催化抗體結(jié)合染色質(zhì)上的同步切割和測(cè)序接頭連接。在 CUT&Tag 中使用 Tn5 是一個(gè)關(guān)鍵的進(jìn)步,因?yàn)檫@一步驟消除了染色質(zhì)碎裂和文庫(kù)制備的需要。

 

ChIP-seq 分析相比,CUT&Tag 分析顯示出顯著改善的信噪比 (S/N),特別是用于在超低樣本輸入中映射組蛋白 PTM。

 

 

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