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Seaphages

 

宿主細菌

擁有800 多個已測序的分枝桿菌噬菌體，我們熱衷于擴大我們的網絡，將在放線菌門內其他宿主上分離的噬菌體包括在內。這包括噬菌體，如節(jié)桿菌屬、戈登氏菌屬和紅球菌屬。

 

作為實現(xiàn)這一激動人心目標的手段，SEA-PHAGES 團隊將分3 個階段對新的放線菌宿主進行試驗，每個階段都將告知下一個最終目標，即建立*佳實踐以協(xié)助整個 SEA 的噬菌體工作。

 

SEA-PHAGES 教師可以自愿參與這項工作的任何或所有步驟。各階段描述如下。

 

單擊此處查看當前處于 SEA-PHAGES 管道中的主機。

 

第一階段：識別

識別階段是將主機添加到我們的集合的第一步。此階段的目標是確定宿主是否普遍適合課堂噬菌體環(huán)境。這一階段可能由匹茲堡大學的 Hatfull 實驗室、HHMI SEA-phages 小組或 SEA-PHAGES 計劃內的任何機構進行。

 

您可以通過選擇要處理的放線菌宿主并確定以下內容來參與此階段：

 

生長參數(shù)（培養(yǎng)基、溫度、孵育時間、菌落形態(tài)）

使用富集發(fā)現(xiàn)噬菌體的頻率

請注意，處于鑒定階段的宿主可能只是經過初步測試（即菌落和草坪可以在固體培養(yǎng)基上生長）。因此，這一階段的測試可能適合獨立實驗室項目。如果您有興趣選擇除試點之外的放線菌宿主，我們建議您使用符合以下標準的宿主。

 

是一種 BSL1 放線菌

具有與課堂時間表兼容的生長條件

像草坪一樣容易生長

可以分發(fā)給或可供 SEA-PHAGES 社區(qū)使用

第 2 階段：試點

當宿主已經充分表征并確定了獲得斑塊的基本指南時，它們可能會進入試驗階段。此階段的目標是在許多不同的實施環(huán)境中測試主機，并收集有關在 SEA-PHAGES 教室中使用主機的大量數(shù)據。這一階段通常由 SEA-PHAGES 領導層協(xié)調，并涉及在同一學年在同一主機上工作的多個機構。

 

如果您選擇參與試點階段，您將測試以下參數(shù)：

 

噬菌體感染（富集、斑塊形成/形態(tài)、緩沖液、滴度、儲存）

分子生物學（DNA 提取、限制性分析、測序、電子顯微鏡）

第 3 階段：驗證

經過驗證的主機現(xiàn)已準備好在 SEA-PHAGES 教室中廣泛使用?；谠囼灁?shù)據的標準化協(xié)議可用于補充資源指南，協(xié)議發(fā)布在 PhagesDB 上。

 

主機選擇指南

新的 SEA-PHAGES 學院

我們強烈鼓勵所有新加入 SEA-PHAGES 計劃的教職員工在采用新宿主之前使用 SEA 團隊為您選擇的細菌宿主成功實施一年的課程。成功的一年將需要通過向 GenBank 提交至少一個帶注釋的基因組來分離噬菌體。

 

目前的 SEA-PHAGES 教師

歡迎以前實施過 SEA-PHAGES 計劃的教職員工參與開發(fā)新宿主的所有階段。如果您決定測試新主機，請通過 info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 團隊發(fā)送電子郵件，并附上您選擇的主機和您打算如何實施試點的簡要說明（例如在實驗室中或在教室）。

 

與新主機合作

當您開始使用新宿主時，我們建議您按照資源指南或 PhagesDB 提供的協(xié)議中描述的恥垢分枝桿菌mc 2 155 的說明進行操作，但有以下關鍵例外。

 

首先在 30°C 的 PYCa 培養(yǎng)基中培養(yǎng)新的放線菌。準備 PYCa 媒體的協(xié)議可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟練使用新宿主，您就可以測試替代生長培養(yǎng)基和溫度。

可以在 PhagesDB 上找到使用新主機的其他注意事項。

 

我們要求在新主機上工作的教職員工保持嚴謹?shù)墓P記，以便我們能夠快速有效地建立*佳實踐。與新主機合作的數(shù)據將使用 SEA-PHAGES 團隊發(fā)送的在線數(shù)據收集表收集。您可以在此處查看數(shù)據收集表，以熟悉將被請求的信息類型。

 

SEA-PHAGES 宿主細菌的當前管道

恥垢分枝桿菌 mc²155

已驗證| 空中交通管制委員會： 700084

 

協(xié)議

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 11861 個| 2109 已測序

 

球形節(jié)桿菌 B-2979

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 561個| 144 測序

 

節(jié)桿菌屬 空中交通管制委員會 21022

已驗證| 空中交通管制委員會： 21022

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 707個| 226 測序

 

灰色鏈霉菌 ATCC 10137

已驗證| 空中交通管制委員會： 10137

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 444個| 109 測序

 

Gordonia rubripertincta NRRL B-16540

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 254 個| 85個測序

 

Gordonia terrae 3612

已驗證| 空中交通管制委員會： 25594

 

噬菌體：1917 年發(fā)現(xiàn)| 464 已排序

 

小葉微桿菌 NRRL B-24224

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3191個| 437 已排序

 

紅球菌 RIA 643

試點| 空中交通管制委員會： 15903

 

最初在 ATCC 上列為紅球菌。

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 95 個| 41個測序

 

鏈霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410

試點

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 45 個| 19 測序

 

短桿菌 NRRL B-14687

試點

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3 個| 1 個已排序

 

綠色發(fā)色鏈霉菌 DSM40736

鑒別

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 27個| 18個測序

 

葡萄球菌NCIB 9291

識別| 空中交通管制委員會： 10234

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 13 個| 8 測序

 

副氧化微桿菌 NWU1

鑒別

 

被內布拉斯加衛(wèi)斯理大學隔離

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 212 個| 29 測序

 

 

 

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