對于許多高級診斷系統(tǒng)和應(yīng)用而言，顯微鏡系統(tǒng)不可缺失。每項應(yīng)用都可能需要不同類型的顯微鏡，最常見的包括立體顯微鏡和倒置顯微鏡。立體顯微鏡是使用入射光照明進行檢測的光學(xué)顯微鏡。顯微鏡提供廣泛的放大選擇，而顯微鏡型號則還備有各種如變焦能力及可互換物鏡的額外功能。倒置顯微鏡會將物鏡和傳感器位置翻轉(zhuǎn)到樣本下方，對于關(guān)鍵特征和細胞位于孔底部的細胞分析、孔板檢查或有蓋培養(yǎng)皿檢查而言非常重要。若樣本最好是從底部成像，以便減少通常由浸漬介質(zhì)引起的球面像差和色像差，則倒置顯微鏡很有用。顯微鏡系統(tǒng)非常適用于對通過肉眼無法輕松發(fā)現(xiàn)的微小特征或缺陷進行分析。

愛特蒙特光學(xué)還提供由行業(yè)頂尖制造商（包括Mitutoyo與Olympus）制造的顯微鏡和倒置顯微鏡。Mitutoyo FS70檢測顯微鏡與Mitutoyo遠場校正物鏡兼容。Olympus顯微鏡可提供適用于各種應(yīng)用和系統(tǒng)空間的多種接口配置。愛特蒙特光學(xué)也提供各種顯微鏡配件，包括相機及振動隔離平臺，以最大限度地減少振動，保證圖像質(zhì)量不受影響。