大家好，這里是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。今天跟大家介紹一下易基因的技術(shù)：微量cfDNA簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序(cfDNA-RBS）。
cfDNA片段化嚴(yán)重，片段大小常在150bp左右，現(xiàn)有甲基化檢測(cè)技術(shù)包括cfMeDIP和微量WGBS等。無法做到堿基分辨、具有抗體特異性和非特異性捕獲、覆蓋深度低、檢測(cè)成本高等特點(diǎn)。常規(guī)RRBS富集約70-350bp范圍酶切片段，如對(duì)于CG含量高的片段將被切割的更碎而無法檢測(cè)，保留下來的片段反而是CG含量低，無甲基化信息的基因片段。
易基因研發(fā)cfDNA-RBS技術(shù)，特異性捕獲CCGG位點(diǎn)兩端的DNA，通過亞硫酸鹽測(cè)序，實(shí)現(xiàn)高深度，單堿基分辨檢測(cè)CG位點(diǎn)甲基化信息。DNA起始量?jī)H需5ng，是目前腫瘤甲基化標(biāo)志物檢測(cè)研究的優(yōu)選技術(shù)，應(yīng)用場(chǎng)景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個(gè)性化用藥、實(shí)時(shí)監(jiān)控、預(yù)后監(jiān)測(cè)等。
應(yīng)用場(chǎng)景：
癌前病變的癌變預(yù)警標(biāo)志物檢測(cè)
腫瘤早期篩查標(biāo)志物檢測(cè)
腫瘤預(yù)后標(biāo)志物檢測(cè)
藥物療效預(yù)測(cè)標(biāo)志物檢測(cè)
技術(shù)優(yōu)勢(shì)：
超低起始量：100-500ul血漿或5ng cfDNA；
測(cè)序覆蓋度高：20G測(cè)序數(shù)據(jù)，可達(dá)10M的CG位點(diǎn)覆蓋，涵蓋CpG島、啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、CTCF結(jié)合位點(diǎn)等多種核心調(diào)控區(qū)域
單堿基分辨率：在其覆蓋范圍內(nèi)可精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)；
性價(jià)比高：成本相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)大幅降低。
技術(shù)路線：
實(shí)驗(yàn)策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
技術(shù)指標(biāo)：
經(jīng)典案例：
全基因組cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌診斷成像的準(zhǔn)確性
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
背 景：
基于乳房X線片和超聲技術(shù)的乳腺影像報(bào)告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BI-RADS)被廣泛用于乳腺癌的早期診斷，但這種方法的假陽(yáng)性率較高，會(huì)導(dǎo)致不必要的活檢，尤其是對(duì)于BI-RADS-4類的患者來說。而攜帶DNA甲基化信息的游離DNA(cfDNA)已經(jīng)成為一種非侵入性的癌癥檢測(cè)方法。
方 法：
本研究收集了接受乳腺X線片和超聲檢查后活檢的210例BI-RADS 4類乳腺病變女性患者。從CHCAMS的活檢患者中收集了20個(gè)腫瘤樣本(10個(gè)惡性和10個(gè)良性)，用于全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS)。
結(jié)論：
基于血液的全基因組DNA甲基化研究，以單堿基分辨率從良性腫瘤中檢測(cè)早期乳腺癌，結(jié)果表明結(jié)合液體活檢和傳統(tǒng)的成像診斷可以通過降低假陽(yáng)性率和避免不必要的損害來改進(jìn)當(dāng)前乳腺癌早期診斷的臨床實(shí)踐。
圖：液體活檢與傳統(tǒng)的診斷顯像相結(jié)合可以提高早期乳腺癌診斷的準(zhǔn)確性。
參考文獻(xiàn)：
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
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