Chromium Controller 單細(xì)胞測(cè)序儀

一、儀器簡(jiǎn)介：

（1）單細(xì)胞測(cè)序儀器設(shè)備Chromium Controller，是一款小巧的單細(xì)胞建庫(kù)解碼系統(tǒng)，可放置在標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)工作臺(tái)上。能夠在十幾分鐘內(nèi)高效地自動(dòng)化生成大于10萬(wàn)個(gè)含有條形碼的納升級(jí)分區(qū)，從而實(shí)現(xiàn)高度并行的樣品分液和添加分子標(biāo)簽。
（2）一次處理多達(dá)8個(gè)樣品，每個(gè)樣本可分析100-10000個(gè)細(xì)胞。結(jié)合Cell Ranger數(shù)據(jù)分析軟件和Loupe Browser可視化軟件，輕松實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平轉(zhuǎn)錄組、免疫分析、基因組拷貝數(shù)變異和染色質(zhì)開(kāi)放性等研究。品牌10x Genomics，型號(hào)GCG-SR-1，產(chǎn)地新加坡，代理商是斑馬魚(yú)（北京）科技有限公司。

二、為何選擇10X單細(xì)胞測(cè)序？

（1）細(xì)胞異質(zhì)性是造成生物復(fù)雜性的一個(gè)關(guān)鍵因素，但往往被群體細(xì)胞分析技術(shù)——比如RNA測(cè)序（RNA-seq）或芯片分析等所掩蓋。
（2）單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)并非提供平均數(shù)據(jù)來(lái)顯示細(xì)胞如何工作，而是讓研究人員能夠更全面地鑒定組織異質(zhì)性、識(shí)別稀有細(xì)胞類型，并逐個(gè)細(xì)胞地解析分子機(jī)制。這種高分辨率能帶來(lái)突破性的成果，4000多篇采用10x Genomics公司技術(shù)的文獻(xiàn)便是很好的證明。

三、單細(xì)胞測(cè)序儀工作流程：

單細(xì)胞測(cè)序流程是從單細(xì)胞或細(xì)胞核懸液開(kāi)始的。采用*進(jìn)的微流體技術(shù)生成含有單細(xì)胞或細(xì)胞核的微滴。接著按照簡(jiǎn)化的流程來(lái)構(gòu)建文庫(kù)。測(cè)序后采用整合的數(shù)據(jù)分析流程和可視化軟件來(lái)處理和分析數(shù)據(jù)——此軟件對(duì)新用戶來(lái)說(shuō)足夠直觀，對(duì)專家來(lái)說(shuō)又足夠強(qiáng)大。

四、技術(shù)原理：

Chromium單細(xì)胞解決方案能夠從多個(gè)角度捕獲細(xì)胞活性的分子讀數(shù)，包括基因表達(dá)、染色質(zhì)可接近性、細(xì)胞表面蛋白、免疫克隆型、抗原特異性以及CRISPR編輯。這項(xiàng)技術(shù)的核心之處在于能夠產(chǎn)生成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞微滴，而每個(gè)微滴都含有一個(gè)可識(shí)別的條形碼，便于下游分析。

五、Next GEM技術(shù)：

①每個(gè)Chromium解決方案都從高度多樣化的凝膠珠（GelBeads）開(kāi)始，每個(gè)凝膠珠都帶有的寡核苷酸條形碼標(biāo)簽序列，以及便于捕獲目標(biāo)分子的功能化序列。

②在Chromium系統(tǒng)內(nèi)，將帶有條形碼標(biāo)簽的凝膠珠與細(xì)胞或細(xì)胞核、酶以及分液油混合，產(chǎn)生成千上萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞乳液微滴，這些微滴被稱為“GEM”（Gel Bead-in-emulsion）。

③每個(gè)GEM都作為單獨(dú)的反應(yīng)微滴，凝膠珠在其中溶解，捕獲每個(gè)細(xì)胞的目標(biāo)分子，添加條形碼并擴(kuò)增。

④添加條形碼后，來(lái)自同一細(xì)胞或細(xì)胞核的所有片段都共享一種10x 條形碼。將成千上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的帶有條形碼的產(chǎn)物混合，進(jìn)行下游反應(yīng)，從而產(chǎn)生與短讀長(zhǎng)測(cè)序儀兼容的文庫(kù)。

⑤在測(cè)序后，生物信息學(xué)工具將利用可識(shí)別的條形碼序列將測(cè)序片段定位到原本的單細(xì)胞或細(xì)胞核。

六、一個(gè)系統(tǒng)可實(shí)現(xiàn)多種單細(xì)胞應(yīng)用：

1. 單細(xì)胞基因表達(dá)：以單細(xì)胞分辨率對(duì)數(shù)百個(gè)至數(shù)萬(wàn)個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全面的3’或5’轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，從而鑒定細(xì)胞異質(zhì)性，探索發(fā)育和疾病背后的機(jī)制，并追蹤細(xì)胞譜系。

2. 單細(xì)胞免疫分析：能夠在單細(xì)胞基礎(chǔ)上對(duì)數(shù)萬(wàn)個(gè)T細(xì)胞和B細(xì)胞的全長(zhǎng)配對(duì)受體測(cè)序和基因表達(dá)譜分析，分析免疫細(xì)胞組庫(kù)，確定B細(xì)胞和T細(xì)胞的抗原特異性，表征組織微環(huán)境，超越傳統(tǒng)的流式細(xì)胞術(shù)。

3. 單細(xì)胞表觀基因組分析：染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性分析（ATAC），實(shí)現(xiàn)數(shù)萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞核的表觀基因組分析，定義細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)，收錄細(xì)胞類型特異性的調(diào)控因子，鑒定重要的轉(zhuǎn)錄因子，繪制基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

4. 單細(xì)胞蛋白表達(dá)：全面分析細(xì)胞類型和表型，驗(yàn)證單細(xì)胞RNA-seq的結(jié)果，并闡明細(xì)胞信號(hào)通路，有助于探索分子機(jī)制或改變藥物發(fā)現(xiàn)。

5. 單細(xì)胞多組學(xué)ATAC + 基因表達(dá)解決方案：同時(shí)分析數(shù)萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的同一細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)和開(kāi)放染色質(zhì)，關(guān)聯(lián)調(diào)控元件和目標(biāo)基因，表征細(xì)胞異質(zhì)性，發(fā)現(xiàn)新的基因調(diào)控相互作用，鑒定罕見(jiàn)的細(xì)胞類型。

七、技術(shù)培訓(xùn)和支持：Xenium、Visium CytAssist、Chromium Connect，Chromium X、Chromium™ Next GEM Single Cell 3' GEM, Library & Gel Bead Kit、Visium Spatial for FFPE Gene Expression Kit、Chip G、Feature Barcode Library Kit……斑馬魚(yú)（北京）科技有限公司是10x Genomics代理商，負(fù)責(zé)銷售儀器和試劑，具備豐富的單細(xì)胞測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)方面經(jīng)驗(yàn)，可為用戶提供單細(xì)胞懸液制備，建庫(kù)，測(cè)序，生信分析等一整套解決方案。在購(gòu)買(mǎi)儀器后，將安排有資質(zhì)的工程師進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)安裝和培訓(xùn)。培訓(xùn)內(nèi)容包括樣本制備、儀器操作、數(shù)據(jù)分析。在培訓(xùn)完成后，客戶還將獲得支持，包括遠(yuǎn)程技術(shù)支持（Technical Support）、現(xiàn)場(chǎng)應(yīng)用科學(xué)家（FAS）、現(xiàn)場(chǎng)服務(wù)工程師（FSE）和生物信息學(xué)應(yīng)用（Applied Bioinformatics）團(tuán)隊(duì)，覆蓋實(shí)驗(yàn)工作流程、試劑耗材、儀器和軟件的各個(gè)方面。

八、儀器技術(shù)參數(shù)：

1、功能用途：通過(guò)對(duì)數(shù)千上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞的獨(dú)立分封，逆轉(zhuǎn)錄，添加標(biāo)簽序列，建庫(kù)，實(shí)現(xiàn)對(duì)每個(gè)細(xì)胞的cDNA添加標(biāo)簽并建庫(kù)。系統(tǒng)兼容單細(xì)胞3’表達(dá)譜測(cè)序，單細(xì)胞5’表達(dá)譜測(cè)序，單細(xì)胞VDJ全長(zhǎng)測(cè)序，單細(xì)胞CNV測(cè)序和單細(xì)胞ATAC測(cè)序。

2、系統(tǒng)可以產(chǎn)生不少于50萬(wàn)個(gè)獨(dú)立的液滴反應(yīng)體系；

3、提供至少300萬(wàn)種序列標(biāo)簽標(biāo)記每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組；

4、分析細(xì)胞數(shù)量：每個(gè)樣本可分析100-10000個(gè)細(xì)胞；

5、細(xì)胞捕獲效率：可達(dá)65%以上；

6、可同時(shí)檢測(cè)來(lái)自同一細(xì)胞的 mRNA 和細(xì)胞表面蛋白；

7、可靶向檢測(cè)人泛癌、免疫相關(guān)、特征性基因等，每種panel 已驗(yàn)證基因數(shù)超過(guò) 1000 個(gè)；

8、針對(duì)單細(xì)胞 V(D)J 分析，可獲得單個(gè) T 細(xì)胞 TCR 的α鏈和β鏈的配對(duì)序列信息；

9、針對(duì)單細(xì)胞 V(D)J 分析，可獲得單個(gè)B細(xì)胞 BCR的重鏈和輕鏈的配對(duì)序列信息；

10、針對(duì)單細(xì)胞 ATAC 分析，線粒體污染率低于 2%；

11、針對(duì)單細(xì)胞多組學(xué)ATAC+基因表達(dá)分析，可同時(shí)檢測(cè)來(lái)自同一細(xì)胞的mRNA和染色質(zhì)可及性；

12、通量：一次可處理樣本數(shù)量不少于8個(gè)；

13、提供序列完整單細(xì)胞分析軟件系統(tǒng)；

14、儀器大小尺寸：20 x 26.3 x 16.4 cm；

15、重量：5.6公斤。

七、斑馬魚(yú)（北京）科技有限公司，是10x Genomics公司的授權(quán)經(jīng)銷商，負(fù)責(zé)產(chǎn)品的推廣銷售和技術(shù)支持，為您提供技術(shù)參數(shù)，報(bào)價(jià)、選型、實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)、安裝培訓(xùn)、售后服務(wù)等，更多信息可和我們聯(lián)系。