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mNGS病原微生物檢測(cè)完整解決方案

2020-4-27  閱讀(2596)

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      近年來(lái),造成人類感染的病原微生物日益復(fù)雜,種類增多,抗菌藥物濫用致使細(xì)菌耐藥,病原微生物已成為關(guān)注的焦點(diǎn)。據(jù)WHO統(tǒng)計(jì),在中國(guó),感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對(duì)重癥感染患者,能否快速確認(rèn)感染病原體,成為后續(xù)對(duì)癥治療的關(guān)鍵,基于宏基因組新一代測(cè)序技術(shù)(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)為解決這一問(wèn)題提供了一個(gè)可能的突破方向。
      mNGS具有不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),直接對(duì)臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序,能夠快速、客觀的檢測(cè)臨床樣本中的較多病原微生物的特點(diǎn)。
      mNGS的檢測(cè)流程可以大致分為5個(gè)步驟:核酸提取、文庫(kù)構(gòu)建、上機(jī)測(cè)序、生信分析與報(bào)告解讀。

圖1: mNGS檢測(cè)流程圖(Gu W et al. Annu Rev Pathol-Mech.2019.14(1), 319)


Yeasen為 mNGS濕實(shí)驗(yàn)部分(核酸提取,文庫(kù)構(gòu)建)提供完整解決方案:


解決方案一:核酸提取系列

      Yeasen MolPure®柱式核酸提取系列試劑盒采用MolPure® DNA/RNA Column和新型的溶液體系,適用于從各種反應(yīng)體系樣品、多種動(dòng)植物樣本、菌體等復(fù)雜樣本中高效提取和純化高純度、高質(zhì)量的核酸??芍苯佑糜诟鞣N分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1)適用樣本廣:用于動(dòng)物組織、血漿、血清、淋巴液、培養(yǎng)上清、分泌物、拭子、糞便、牛奶、尿液等樣品;
2)合并提?。和瑫r(shí)提取樣本的DNA與RNA;
3)提取純度高:采用硅基質(zhì)材料的離心吸附柱,可提取純度高的病毒RNA/DNA,質(zhì)量穩(wěn)定可靠;
4)滿足多種下游應(yīng)用:可適用于各種下游應(yīng)用實(shí)驗(yàn),如酶切、PCR、反轉(zhuǎn)錄和RT-PCR、NGS等。

產(chǎn)品性能

  1. 分別驗(yàn)證小鼠組織、細(xì)菌和糞便中核酸提取的效率,結(jié)果顯示Yeasen核酸提取效率高于競(jìng)品公司。

 
圖2:小鼠組織(左)細(xì)菌和糞便(右)DNA提取瓊脂糖膠圖,A表示Yeasen試劑盒,F(xiàn)、T、O表示競(jìng)品公司

產(chǎn)品詳情

產(chǎn)品類型產(chǎn)品名稱貨號(hào)
核酸提取病毒DNA/RNA提取試劑盒MolPure® Viral DNA/RNA Kit 19321ES
組織DNA提取試劑盒MolPure® Cell/Tissue DNA Kit 18700ES
細(xì)菌DNA提取試劑盒MolPure® Bacterial DNA Kit 18806ES
糞便DNA提取試劑盒MolPure® Stool DNA Kit18820ES


解決方案二:DNA文庫(kù)構(gòu)建系列

     Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit酶切法DNA建庫(kù)試劑盒,擺脫了繁瑣的超聲流程,操作簡(jiǎn)便化,片段化/末修加A可在一步操作中完成,針對(duì)不同樣本(含F(xiàn)FPE)均可以獲得高質(zhì)量文庫(kù),尤其滿足病原樣本快速建庫(kù)需求,亦是自動(dòng)化平臺(tái)建庫(kù)的首-選。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1)實(shí)驗(yàn)流程更精簡(jiǎn):片段化/末修/加A一步完成,大大縮減建庫(kù)時(shí)間;
2)樣本適用范圍廣:適用于痰液,腹水,腦脊液,F(xiàn)FPE等各類樣本;
3)適用場(chǎng)景更廣泛:自動(dòng)化建庫(kù)平臺(tái)首-選;
4)酶切可控時(shí)間長(zhǎng):僅需調(diào)整酶切時(shí)間即可得到目標(biāo)片段;
5)耐抑制物能力強(qiáng):對(duì)于復(fù)雜樣本中的一些抑制物有更好的耐受能力。

性能展示

  1. 不同模板的質(zhì)量不均一,采用不同的酶切時(shí)間可獲得優(yōu)質(zhì)文庫(kù)。


產(chǎn)品詳情

平臺(tái)類型方法產(chǎn)品名稱貨號(hào)
Illumina平臺(tái)DNA酶切法酶切法建庫(kù)試劑盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for illumina12204ES
配套接頭單端接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1,2,3,412615ES- 12618ES
MGI平臺(tái)DNA酶切法酶切法建庫(kù)試劑盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®13321ES
配套試劑環(huán)化試劑盒Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®13341ES
MGI接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®, Set 1,2,313360ES-        13362ES


解決方案二:RNA文庫(kù)構(gòu)建系列

      Hieff NGS® Dual-mode RNA Library Prep Kit是翊圣生物推出針對(duì)微量RNA構(gòu)建試劑盒,可以銜接市面上mRNA純化試劑盒或rRNA去除試劑盒構(gòu)。本試劑盒提供的所有試劑都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證,zui大程度上保證了文庫(kù)構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1)操作簡(jiǎn)便:二鏈合成,末修加A合并為一步,操作更加簡(jiǎn)便;
2)適用范圍廣:適用于pg級(jí)別的微量樣本建庫(kù);
3)病原微生物檢測(cè):適用于不同來(lái)源的病原微生物檢測(cè)(痰液,肺泡灌洗液,腦脊液等低濃度樣本);
4)產(chǎn)品穩(wěn)定:不同生產(chǎn)批次間穩(wěn)定。

性能展示
1.選取來(lái)源于不同人體的痰液和肺泡灌洗液提取的RNA樣本,經(jīng)rRNA去除之后進(jìn)行RNA文庫(kù)構(gòu)建,表明低濃度樣本亦可高效建庫(kù)。

樣本信息痰液肺泡灌洗液
RNAA1A2A3A4A5B1B2B3B4B5
擴(kuò)增前濃度0.5760.3920.3660.8260.5540.6120.5040.3160.3960.482
文庫(kù)2次純化后濃度10.88.269.328.6410.86.707.38.96.05.08
產(chǎn)量(ng)216165.2186.4172.8216134146178120101.6
提取樣本濃度較低,測(cè)不出來(lái)濃度,且經(jīng)過(guò)rRAN去除


產(chǎn)品詳情

平臺(tái)類型方法產(chǎn)品名稱貨號(hào)
Illumina平臺(tái)RNA建庫(kù)法Hieff NGS® Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit for illumina®12252ES
MGI平臺(tái)Hieff NGS® Dual-Mode RNA Library Prep Kit for MGI®13332ES


解決方案三:文庫(kù)定量系列

dsDNA Assay Kit for Qubit®是Yeasen開(kāi)發(fā)的專門用于Qubit®熒光儀或熒光酶標(biāo)儀的試劑盒,線性范圍0.2-100 ng,即使在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,也可以選擇性的檢測(cè)dsDNA,且耐受較高濃度的蛋白質(zhì)、鹽類、洗滌劑等污染物。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1)簡(jiǎn)便:實(shí)驗(yàn)操作與原裝品牌一致,5min之內(nèi)出結(jié)果;
2)靈敏:準(zhǔn)確定量0.2-100ng樣本;
3)準(zhǔn)確:包含F(xiàn)FPE、cfDNA等樣本在內(nèi)的測(cè)試誤差均小于10%;
4)穩(wěn)定:嚴(yán)格批次間穩(wěn)定性指控。

性能展示

  1. 可準(zhǔn)確定量dsDNA濃度在0.2-100ng的樣本,且不論在低濃度區(qū)間(0-1ng)或高濃度區(qū)間都能準(zhǔn)確定量。測(cè)量值與實(shí)際值誤差:1%-10% ;與原裝Life實(shí)際定量誤差:1%-15%。

圖3:  dsDNA Assay Kit for Qubit®測(cè)試準(zhǔn)確性。樣品使用標(biāo)準(zhǔn)品,每個(gè)測(cè)試3個(gè)平行,CV≤5%。


產(chǎn)品詳情

產(chǎn)品類型產(chǎn)品名稱貨號(hào)
文庫(kù)定量Qubit定量試劑盒dsDNA HS Assay Kit for Qubit®12640ES
1×dsDNA HS Assay Kit for Qubit®12642ES
qPCR定量試劑盒Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix12302ES


解決方案四:文庫(kù)純化系列

       Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,配合精心優(yōu)化過(guò)的緩沖體系,可用于二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的DNA///片段分選、純化。操作方式與AMPure XP Beads相同,片段回收效率和文庫(kù)大小分布亦與AMPure XP Beads高度吻合。

產(chǎn)品特點(diǎn)
1)操作簡(jiǎn)便:無(wú)縫替代XP,實(shí)驗(yàn)操作、文庫(kù)大小和產(chǎn)量與XP*一致;
2)純化分選效果優(yōu)異:純化回收效率高達(dá)90%,精準(zhǔn)分選;
3)適用多種樣本:適用于FFPE、糞便、gDNA、微生物、血液等樣本的純化與分選;
4)通用性廣:兼容各種品牌建庫(kù)試劑盒;
5)品質(zhì)穩(wěn)定:不同生產(chǎn)批次間無(wú)差異。

性能展示

  1. 相同的分選比例,Yeasen磁珠與XP磁珠分選效果相當(dāng)。

圖4: 磁珠分選精度與XP對(duì)比示意圖


產(chǎn)品詳情

產(chǎn)品類型產(chǎn)品名稱貨號(hào)
磁珠純化DNA磁珠Hieff NGS® DNA Selection Beads 分選磁珠(替代AMPure XP Beads)12601ES
RNA磁珠Hieff NGS® RNA Cleaner12602ES



相關(guān)產(chǎn)品推薦


類別名稱貨號(hào)規(guī)格價(jià)格
建庫(kù)模塊末端修復(fù)/加AHieff NGS® UltimaTM Endprep Mix12605ES24/9624/96 T4233/14333
Hieff NGS® Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module12608ES24/9624/96 T2066/6166
Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Fragmentation Reagent 12609ES24/9624/96 T1462/5362
連接模塊Hieff NGS® UltimaTM DNA Ligation Module12604ES24/9624/96 T3263/10863
Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module 12607ES24/9624/96 T2053/6841
擴(kuò)增模塊2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification12621ES24/9624/96 T583/1783
2×Super Canace®Ⅱ Uracil High-Fidelity Mix for Library Amplification12620ES24/9624/96 T723/1853
2× Ultima HF Amplification Mix for MGI®13344ES24/9624/96T723/1853
環(huán)化模塊Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® MGI®13341ES16/9616/96 T1853/9253
接頭完整接頭Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®12615/6/7/8ES04/1612×4/12×16 T1256/4536
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®13360ES02/04/968×2/4/100 T353/643/8643
短接頭Hieff NGS®  96 Single Index Primer Kit for Illumina®12611/2ES0248×2 T1493
Hieff NGS® 384 Dual Index Primer Kit for Illumina® 12613/4ES0296×2 T2753
磁珠DNA分選Hieff NGS® DNA Selection Beads12601ES56/7560/450mL6286/26186
定量QubitdsDNA HS Assay Kit for Qubit®12640ES60/76100/500 T686/2696















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