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近年來(lái),造成人類感染的病原微生物日益復(fù)雜,種類增多,抗菌藥物濫用致使細(xì)菌耐藥,病原微生物已成為關(guān)注的焦點(diǎn)。據(jù)WHO統(tǒng)計(jì),在中國(guó),感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對(duì)重癥感染患者,能否快速確認(rèn)感染病原體,成為后續(xù)對(duì)癥治療的關(guān)鍵,基于宏基因組新一代測(cè)序技術(shù)(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)為解決這一問(wèn)題提供了一個(gè)可能的突破方向。
mNGS具有不依賴于傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),直接對(duì)臨床樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序,能夠快速、客觀的檢測(cè)臨床樣本中的較多病原微生物的特點(diǎn)。
mNGS的檢測(cè)流程可以大致分為5個(gè)步驟:核酸提取、文庫(kù)構(gòu)建、上機(jī)測(cè)序、生信分析與報(bào)告解讀。
圖1: mNGS檢測(cè)流程圖(Gu W et al. Annu Rev Pathol-Mech.2019.14(1), 319)
Yeasen為 mNGS濕實(shí)驗(yàn)部分(核酸提取,文庫(kù)構(gòu)建)提供完整解決方案:
解決方案一:核酸提取系列
Yeasen MolPure®柱式核酸提取系列試劑盒采用MolPure® DNA/RNA Column和新型的溶液體系,適用于從各種反應(yīng)體系樣品、多種動(dòng)植物樣本、菌體等復(fù)雜樣本中高效提取和純化高純度、高質(zhì)量的核酸??芍苯佑糜诟鞣N分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1)適用樣本廣:用于動(dòng)物組織、血漿、血清、淋巴液、培養(yǎng)上清、分泌物、拭子、糞便、牛奶、尿液等樣品;
2)合并提?。和瑫r(shí)提取樣本的DNA與RNA;
3)提取純度高:采用硅基質(zhì)材料的離心吸附柱,可提取純度高的病毒RNA/DNA,質(zhì)量穩(wěn)定可靠;
4)滿足多種下游應(yīng)用:可適用于各種下游應(yīng)用實(shí)驗(yàn),如酶切、PCR、反轉(zhuǎn)錄和RT-PCR、NGS等。
產(chǎn)品性能
分別驗(yàn)證小鼠組織、細(xì)菌和糞便中核酸提取的效率,結(jié)果顯示Yeasen核酸提取效率高于競(jìng)品公司。
圖2:小鼠組織(左)細(xì)菌和糞便(右)DNA提取瓊脂糖膠圖,A表示Yeasen試劑盒,F(xiàn)、T、O表示競(jìng)品公司
產(chǎn)品詳情
產(chǎn)品類型 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | |
核酸提取 | 病毒DNA/RNA提取試劑盒 | MolPure® Viral DNA/RNA Kit | 19321ES |
組織DNA提取試劑盒 | MolPure® Cell/Tissue DNA Kit | 18700ES | |
細(xì)菌DNA提取試劑盒 | MolPure® Bacterial DNA Kit | 18806ES | |
糞便DNA提取試劑盒 | MolPure® Stool DNA Kit | 18820ES |
解決方案二:DNA文庫(kù)構(gòu)建系列
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit酶切法DNA建庫(kù)試劑盒,擺脫了繁瑣的超聲流程,操作簡(jiǎn)便化,片段化/末修加A可在一步操作中完成,針對(duì)不同樣本(含F(xiàn)FPE)均可以獲得高質(zhì)量文庫(kù),尤其滿足病原樣本快速建庫(kù)需求,亦是自動(dòng)化平臺(tái)建庫(kù)的首-選。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1)實(shí)驗(yàn)流程更精簡(jiǎn):片段化/末修/加A一步完成,大大縮減建庫(kù)時(shí)間;
2)樣本適用范圍廣:適用于痰液,腹水,腦脊液,F(xiàn)FPE等各類樣本;
3)適用場(chǎng)景更廣泛:自動(dòng)化建庫(kù)平臺(tái)首-選;
4)酶切可控時(shí)間長(zhǎng):僅需調(diào)整酶切時(shí)間即可得到目標(biāo)片段;
5)耐抑制物能力強(qiáng):對(duì)于復(fù)雜樣本中的一些抑制物有更好的耐受能力。
性能展示
不同模板的質(zhì)量不均一,采用不同的酶切時(shí)間可獲得優(yōu)質(zhì)文庫(kù)。
產(chǎn)品詳情
平臺(tái)類型 | 方法 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | |
Illumina平臺(tái) | DNA酶切法 | 酶切法建庫(kù)試劑盒 | Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for illumina | 12204ES |
配套接頭 | 單端接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1,2,3,4 | 12615ES- 12618ES | |
MGI平臺(tái) | DNA酶切法 | 酶切法建庫(kù)試劑盒 | Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI® | 13321ES |
配套試劑 | 環(huán)化試劑盒 | Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® | 13341ES | |
MGI接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®, Set 1,2,3 | 13360ES- 13362ES |
解決方案二:RNA文庫(kù)構(gòu)建系列
Hieff NGS® Dual-mode RNA Library Prep Kit是翊圣生物推出針對(duì)微量RNA構(gòu)建試劑盒,可以銜接市面上mRNA純化試劑盒或rRNA去除試劑盒構(gòu)。本試劑盒提供的所有試劑都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證,zui大程度上保證了文庫(kù)構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1)操作簡(jiǎn)便:二鏈合成,末修加A合并為一步,操作更加簡(jiǎn)便;
2)適用范圍廣:適用于pg級(jí)別的微量樣本建庫(kù);
3)病原微生物檢測(cè):適用于不同來(lái)源的病原微生物檢測(cè)(痰液,肺泡灌洗液,腦脊液等低濃度樣本);
4)產(chǎn)品穩(wěn)定:不同生產(chǎn)批次間穩(wěn)定。
性能展示
1.選取來(lái)源于不同人體的痰液和肺泡灌洗液提取的RNA樣本,經(jīng)rRNA去除之后進(jìn)行RNA文庫(kù)構(gòu)建,表明低濃度樣本亦可高效建庫(kù)。
樣本信息 | 痰液 | 肺泡灌洗液 | ||||||||
RNA | A1 | A2 | A3 | A4 | A5 | B1 | B2 | B3 | B4 | B5 |
擴(kuò)增前濃度 | 0.576 | 0.392 | 0.366 | 0.826 | 0.554 | 0.612 | 0.504 | 0.316 | 0.396 | 0.482 |
文庫(kù)2次純化后濃度 | 10.8 | 8.26 | 9.32 | 8.64 | 10.8 | 6.70 | 7.3 | 8.9 | 6.0 | 5.08 |
產(chǎn)量(ng) | 216 | 165.2 | 186.4 | 172.8 | 216 | 134 | 146 | 178 | 120 | 101.6 |
提取樣本濃度較低,測(cè)不出來(lái)濃度,且經(jīng)過(guò)rRAN去除 |
產(chǎn)品詳情
平臺(tái)類型 | 方法 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) |
Illumina平臺(tái) | RNA建庫(kù)法 | Hieff NGS® Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit for illumina® | 12252ES |
MGI平臺(tái) | Hieff NGS® Dual-Mode RNA Library Prep Kit for MGI® | 13332ES |
解決方案三:文庫(kù)定量系列
dsDNA Assay Kit for Qubit®是Yeasen開(kāi)發(fā)的專門用于Qubit®熒光儀或熒光酶標(biāo)儀的試劑盒,線性范圍0.2-100 ng,即使在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,也可以選擇性的檢測(cè)dsDNA,且耐受較高濃度的蛋白質(zhì)、鹽類、洗滌劑等污染物。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1)簡(jiǎn)便:實(shí)驗(yàn)操作與原裝品牌一致,5min之內(nèi)出結(jié)果;
2)靈敏:準(zhǔn)確定量0.2-100ng樣本;
3)準(zhǔn)確:包含F(xiàn)FPE、cfDNA等樣本在內(nèi)的測(cè)試誤差均小于10%;
4)穩(wěn)定:嚴(yán)格批次間穩(wěn)定性指控。
性能展示
可準(zhǔn)確定量dsDNA濃度在0.2-100ng的樣本,且不論在低濃度區(qū)間(0-1ng)或高濃度區(qū)間都能準(zhǔn)確定量。測(cè)量值與實(shí)際值誤差:1%-10% ;與原裝Life實(shí)際定量誤差:1%-15%。
圖3: dsDNA Assay Kit for Qubit®測(cè)試準(zhǔn)確性。樣品使用標(biāo)準(zhǔn)品,每個(gè)測(cè)試3個(gè)平行,CV≤5%。
產(chǎn)品詳情
產(chǎn)品類型 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | |
文庫(kù)定量 | Qubit定量試劑盒 | dsDNA HS Assay Kit for Qubit® | 12640ES |
1×dsDNA HS Assay Kit for Qubit® | 12642ES | ||
qPCR定量試劑盒 | Hieff NGS® Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix | 12302ES |
解決方案四:文庫(kù)純化系列
Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,配合精心優(yōu)化過(guò)的緩沖體系,可用于二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的DNA///片段分選、純化。操作方式與AMPure XP Beads相同,片段回收效率和文庫(kù)大小分布亦與AMPure XP Beads高度吻合。
產(chǎn)品特點(diǎn)
1)操作簡(jiǎn)便:無(wú)縫替代XP,實(shí)驗(yàn)操作、文庫(kù)大小和產(chǎn)量與XP*一致;
2)純化分選效果優(yōu)異:純化回收效率高達(dá)90%,精準(zhǔn)分選;
3)適用多種樣本:適用于FFPE、糞便、gDNA、微生物、血液等樣本的純化與分選;
4)通用性廣:兼容各種品牌建庫(kù)試劑盒;
5)品質(zhì)穩(wěn)定:不同生產(chǎn)批次間無(wú)差異。
性能展示
相同的分選比例,Yeasen磁珠與XP磁珠分選效果相當(dāng)。
圖4: 磁珠分選精度與XP對(duì)比示意圖
產(chǎn)品詳情
產(chǎn)品類型 | 產(chǎn)品名稱 | 貨號(hào) | |
磁珠純化 | DNA磁珠 | Hieff NGS® DNA Selection Beads 分選磁珠(替代AMPure XP Beads) | 12601ES |
RNA磁珠 | Hieff NGS® RNA Cleaner | 12602ES |
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類別 | 名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 | 價(jià)格 | ||
建庫(kù)模塊 | 末端修復(fù)/加A | Hieff NGS® UltimaTM Endprep Mix | 12605ES24/96 | 24/96 T | 4233/14333 | |
Hieff NGS® Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module | 12608ES24/96 | 24/96 T | 2066/6166 | |||
Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Fragmentation Reagent | 12609ES24/96 | 24/96 T | 1462/5362 | |||
連接模塊 | Hieff NGS® UltimaTM DNA Ligation Module | 12604ES24/96 | 24/96 T | 3263/10863 | ||
Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module | 12607ES24/96 | 24/96 T | 2053/6841 | |||
擴(kuò)增模塊 | 2×Super Canace® II High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12621ES24/96 | 24/96 T | 583/1783 | ||
2×Super Canace®Ⅱ Uracil High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12620ES24/96 | 24/96 T | 723/1853 | |||
2× Ultima HF Amplification Mix for MGI® | 13344ES24/96 | 24/96T | 723/1853 | |||
環(huán)化模塊 | Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® MGI® | 13341ES16/96 | 16/96 T | 1853/9253 | ||
接頭 | 完整接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina® | 12615/6/7/8ES04/16 | 12×4/12×16 T | 1256/4536 | |
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI® | 13360ES02/04/96 | 8×2/4/100 T | 353/643/8643 | |||
短接頭 | Hieff NGS® 96 Single Index Primer Kit for Illumina® | 12611/2ES02 | 48×2 T | 1493 | ||
Hieff NGS® 384 Dual Index Primer Kit for Illumina® | 12613/4ES02 | 96×2 T | 2753 | |||
磁珠 | DNA分選 | Hieff NGS® DNA Selection Beads | 12601ES56/75 | 60/450mL | 6286/26186 | |
定量 | Qubit | dsDNA HS Assay Kit for Qubit® | 12640ES60/76 | 100/500 T | 686/2696 | |