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新品上新|植物rRNA去除試劑盒,看得見的去除效率!
近,有小伙伴私信小翊,抱怨轉錄組建庫,后得到的有效信息和耗費的財力、物力、人力、時間相比,簡直是九牛二毛。歸根到底,竟是rRNA惹的禍。
轉錄組(transcriptome)是指在某一特定生理條件下,細胞、組織或者生物體內所有轉錄產物的集合,即轉錄出來的所有RNA的總和,包括編碼RNA(mRNA)和非編碼RNA(tRNA、rRNA、miRNA、lncRNA、circRNA)等不同類型的RNA分子,其中,rRNA約占RNA總量的 80%以上,是多的一類RNA。
圖1:總RNA中各種RNA占比餅狀圖
rRNA作為總RNA中///豐富的成員,提供的轉錄本信息卻少之又少,且檢測過多會掩蓋其它基因的表達豐度,從而增加低豐度轉錄本的檢測難度。因此,通常在測序之前從總RNA樣品中去除rRNA,rRNA去除的效率也被視為///大化讀取到轉錄物的關鍵因素。
新品簡介
翊圣生物新推出植物rRNA去除試劑盒Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)(#12254),滿足客戶rRNA去除的多元化需求,致力于將轉錄本信息讀取做到///大化。
圖2:植物rRNA去除試劑盒
Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)利用RNase H消化法去除植物來源總RNA中的核糖體RNA(包括細胞質18S、25S rRNA,線粒體18S、26S rRNA,葉綠體16S、23S rRNA)以保留信使RNA(mRNA)和其它非編碼RNA。該試劑盒對于完整和部分降解的總RNA均具有良好的rRNA去除效果。經rRNA去除所獲得的RNA樣本可用于高通量測序分析mRNA和非編碼RNA,可顯著提高測序結果中有效數據比例,也可用于cDNA合成或其它下游應用。
產品特點
圖3:植物rRNA去除試劑盒特點
操作流程
圖4:植物rRNA去除操作流程
產品數據
1、不同起始量,rRNA的去除效率測試
不同Input量的擬南芥葉片RNA,使用12254進行rRNA去除后銜接12251構建鏈特異性文庫,并進行 Illumina 雙端測序(2 × 150 bp),分析下機數據中rRNA的占比。結果表明:測試的所有起始量均能有效去除rRNA。
圖5:不同投入量,rRNA去除效率圖
2、重復實驗相關性測試
1μg擬南芥葉片RNA,使用12254進行rRNA去除后銜接12251構建鏈特異性文庫,實驗進行3次重復。文庫分別進行 Illumina 雙端測序(2 × 150 bp),分析下機數據不同轉錄本的表達量。結果表明:3次重復轉錄本表達相關性保持一致。
圖6:植物rRNA去除試劑重復實驗相關性測試圖
3、不同投入量相關性測試
不同Input量的擬南芥葉片RNA,使用12254進行rRNA去除后銜接12251構建鏈特異性文庫,并進行 Illumina 雙端測序(2 × 150 bp),分析下機數據不同轉錄本的表達量。結果表明:測試的所有起始量轉錄本表達相關性保持一致。
圖7:植物rRNA去除試劑不同投入量相關性測試圖
4、多個物種的rRNA去除效率測試
不同物種來源的1 μg Total RNA,使用12254進行rRNA去除后銜接12251構建鏈特異性文庫,同時構建未去除的文庫,并進行 Illumina 雙端測序(2 × 150 bp),分析下機數據不同物種在去除前后rRNA的占比。結果表明:針對多種植物來源RNA,該試劑盒均能有效去除rRNA。
圖8:多物種rRNA去除效率測試圖
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