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一夫當(dāng)關(guān),莫如雙管齊下

2020-10-17  閱讀(395)

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一夫當(dāng)關(guān),莫如雙管齊下

——聚焦熱啟動(dòng)Taq DNA聚合酶雙封閉抗體

 

當(dāng)下基于PCR技術(shù)的核酸檢測(cè)仍有其應(yīng)用難點(diǎn)

難點(diǎn)→檢測(cè)試劑的穩(wěn)定性

核酸檢測(cè)行業(yè)人都格外關(guān)注檢測(cè)試劑的穩(wěn)定性,不管是長(zhǎng)期儲(chǔ)存穩(wěn)定性還是短期偏離正常保存條件的穩(wěn)定性,都直接影響檢測(cè)結(jié)果的有效性。而短期偏離正常保存條件的穩(wěn)定性在實(shí)際使用和運(yùn)輸過程中尤為重要,比如遇到樣本量大、適配自動(dòng)化、排隊(duì)等待上機(jī)等情況,反應(yīng)體系需要在室溫或4℃放置,再比如遇到運(yùn)輸時(shí)間長(zhǎng),溫度難以控制,檢測(cè)體系就暴露在風(fēng)險(xiǎn)之下。如何保證穩(wěn)定性,如何確保檢測(cè)結(jié)果有效、可信,是行業(yè)關(guān)注的難點(diǎn)。

難點(diǎn)→非特異性擴(kuò)增

非特異性擴(kuò)增直接影響檢測(cè)結(jié)果的判讀,還消耗反應(yīng)體系中的引物等物料,導(dǎo)致目的基因擴(kuò)增失敗。試劑開發(fā)人員通過優(yōu)化引物、調(diào)整鎂離子濃度和酶量、調(diào)整退火溫度等方法避免非特異性擴(kuò)增,但仍需謹(jǐn)慎操作,稍不留意也會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)失敗。

 

熱啟動(dòng)DNA聚合酶可幫助攻克核酸檢測(cè)應(yīng)用難點(diǎn)

目前常用抗體法熱啟動(dòng)Taq DNA聚合酶幫助提升試劑穩(wěn)定性和解決非特異性擴(kuò)增問題。傳統(tǒng)的抗體法熱啟動(dòng),是利用Taq DNA聚合酶抗體封閉其5'→3'聚合酶活性,防止在低溫時(shí)錯(cuò)配或引物二聚體引起非特異性擴(kuò)增,在PCR預(yù)變性95℃加熱時(shí),抗體蛋白變性,釋放DNA聚合酶活性,不影響正常擴(kuò)增。利用抗體封閉聚合酶活性,可謂一夫當(dāng)關(guān),萬夫莫開。

 

一夫當(dāng)關(guān),莫如雙管齊下——翊圣帶來雙封閉抗體

聚合酶活性封閉抗體可以有效防止錯(cuò)配引起的非特異性擴(kuò)增,提升了全預(yù)混反應(yīng)體系的穩(wěn)定性,然而Taq DNA聚合酶除了具有5'→3'聚合酶活性,還有5'→3'核酸外切酶活性,這部分外切酶活性可能會(huì)在低溫時(shí)導(dǎo)致錯(cuò)配探針或其它物料降解,造成非特異信號(hào)。因此翊圣開發(fā)了雙封閉抗體,不僅可以封閉Taq DNA聚合酶的聚合酶活性,還能同時(shí)封閉Taq DNA聚合酶的外切酶活性,雙管齊下,既能有效防止錯(cuò)配或引物二聚體引起的非特異性擴(kuò)增,又能防止物料降解產(chǎn)生非特異信號(hào),雙重提升試劑穩(wěn)定性,使檢測(cè)試劑在運(yùn)輸或室溫使用過程中都能夠從容應(yīng)對(duì)。

 

圖1. 傳統(tǒng)抗體法封閉原理示意圖

圖中高亮部分為Taq DNA聚合酶5'→3'聚合酶活性結(jié)構(gòu)域,抗體只封閉Taq DNA聚合酶的5'→3'聚合酶活性

 

 

圖2. 翊圣雙封閉抗體封閉原理示意圖

圖中高亮部分為Taq DNA聚合酶5'→3'聚合酶活性結(jié)構(gòu)域和5'→3'核酸外切酶活性結(jié)構(gòu)域,翊圣雙封閉抗體含兩種抗體,可同時(shí)封閉Taq DNA聚合酶的5'→3'聚合酶活性和5'→3'核酸外切酶活性

 

 

圖3. 雙封閉抗體外切酶活性封閉效率檢測(cè)

設(shè)計(jì)引物探針配于反應(yīng)液中,40℃反應(yīng),檢測(cè)熒光信號(hào)。

黃色為未封閉的Taq DNA聚合酶組

紫色為雙封閉抗體封閉的Taq DNA聚合酶組

 

由圖3可以看出雙封閉抗體可有效封閉Taq DNA聚合酶的外切酶活性。

 

雙封閉抗體有效提升檢測(cè)試劑穩(wěn)定性

用傳統(tǒng)封閉抗體與雙封閉抗體分別封閉Taq DNA聚合酶,配置成含引物探針的全預(yù)混液,在4℃或37℃放置10天或1、3、5天,擴(kuò)增10000拷貝ASF基因質(zhì)粒,觀察擴(kuò)增曲線和CT值變化,對(duì)比傳統(tǒng)封閉抗體和雙封閉抗體對(duì)全預(yù)混反應(yīng)液穩(wěn)定性的作用。

 

 

圖4. 傳統(tǒng)封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASF基因質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖

藍(lán)色為含引物探針全預(yù)混液4℃放置10天后擴(kuò)增曲線,紅色為4℃放置0天對(duì)照

 

 

圖5. 雙封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASF基因質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖

藍(lán)色為含引物探針全預(yù)混液4℃放置10天后擴(kuò)增曲線,紅色為4℃放置0天對(duì)照

 

由圖4、圖5可以看出,雙封閉抗體比傳統(tǒng)封閉抗體更能保持反應(yīng)液穩(wěn)定,有效提升檢測(cè)試劑穩(wěn)定性。雙封閉抗體封閉含引物探針全預(yù)混液4℃放置10天擴(kuò)增曲線和CT值無明顯變化。

 

 

圖6. 傳統(tǒng)封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASF基因質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖

藍(lán)色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置5天后擴(kuò)增曲線

綠色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置3天后擴(kuò)增曲線

黃色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置1天后擴(kuò)增曲線

紅色為37℃放置0天對(duì)照

 

 

圖7. 雙封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASF基因質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖

藍(lán)色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置5天后擴(kuò)增曲線

綠色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置3天后擴(kuò)增曲線

黃色為含引物探針全預(yù)混液37℃放置1天后擴(kuò)增曲線

紅色為37℃放置0天對(duì)照

 

由圖6、圖7可以看出,雙封閉抗體比傳統(tǒng)封閉抗體更能保持反應(yīng)液穩(wěn)定,有效提升檢測(cè)試劑穩(wěn)定性。雙封閉抗體封閉含引物探針全預(yù)混液37℃放置1、3、5天CT值差小于0.2。

 

雙封閉抗體幫助解決基線上漂問題

某些引物配合特定buffer和儀器時(shí),會(huì)出現(xiàn)基線上漂的情況。翊圣嘗試多種方法改善基線問題,發(fā)現(xiàn)雙封閉抗體更有利于基線平穩(wěn)。

 

 

圖8. N基因擴(kuò)增曲線圖

紅色為傳統(tǒng)封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增曲線

綠色為雙封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增曲線

 

 

圖9. ACT基因擴(kuò)增曲線圖

紅色為傳統(tǒng)封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增曲線

綠色為雙封閉抗體封閉反應(yīng)液擴(kuò)增曲線

 

由圖8、圖9可以看出特定引物和buffer下,使用雙封閉抗體可幫助解決基線上漂問題。

 

使用雙封閉抗體獲得良好線性

用雙封閉抗體封閉的反應(yīng)液擴(kuò)增100000、10000、1000、100拷貝ASF/ACT雙質(zhì)粒,制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。

 

 

圖10. 雙封閉反應(yīng)液制作ASF基因標(biāo)準(zhǔn)曲線圖

 

ASF基因標(biāo)準(zhǔn)曲線R2:0.998,擴(kuò)增效率98.848%,線性良好,無非特異性擴(kuò)增。

 

 

圖11. 雙封閉反應(yīng)液制作ACT基因標(biāo)準(zhǔn)曲線圖

 

ACT基因標(biāo)準(zhǔn)曲線R2:0.998,擴(kuò)增效率98.113%,線性良好,無非特異性擴(kuò)增。

 

翊圣生物提供高品質(zhì)核酸檢測(cè)試劑原料

翊圣生物十年匠心,專注于分子工具酶原料的生產(chǎn)和開發(fā)。翊圣生物憑借自身成熟抗體篩選平臺(tái),Taq DNA聚合酶為靶標(biāo)分子進(jìn)行封閉抗體的篩選,經(jīng)過多年的潛心研究與體系優(yōu)化開發(fā)出熱啟動(dòng)Taq DNA聚合酶雙封閉抗體,驗(yàn)證可封閉多種Taq DNA聚合酶突變體,目前已有克級(jí)現(xiàn)貨庫存,助力核酸檢測(cè)應(yīng)用。

 

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品編號(hào)

規(guī)格

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES60

100 µg

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES80

1 mg

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES90

5 mg

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES92

10 mg

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES93

100 mg

Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody

31303ES94

1000 mg

 

關(guān)于翊圣生物

上海翊圣生物科技有限公司(Yeasen Biotech Co., Ltd)成立于2009年,長(zhǎng)期專注于分子酶原料及建庫試劑盒等產(chǎn)品的研發(fā)和生產(chǎn)。

 

我們的目標(biāo)讓下游企業(yè)節(jié)省更多的成本,為中國(guó)精///準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展貢獻(xiàn)自己的力量。

 

翊圣生物擁有*分子酶雙向技術(shù)平臺(tái)、大規(guī)模蛋白發(fā)酵純化技術(shù)平臺(tái)、高效抗體篩選技術(shù)平臺(tái),目前已成功開發(fā)各類診斷分子酶、二代測(cè)序建庫酶等40余種,并實(shí)現(xiàn)工業(yè)放大。翊圣生物開發(fā)的PCR類、NGS類、體外診斷(IVD)和相關(guān)酶原料等產(chǎn)品獲得了廣大客戶的認(rèn)可。此外,我們還為工業(yè)客戶提供定制化開發(fā)服務(wù),以滿足個(gè)性化需求。

 

HB200927

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