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3 min一步完成rRNA去除,等你來盤!

2022-3-26  閱讀(254)

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3 min一步完成rRNA去除,等你來盤!


近年來, RNA二代測序技術(shù)成為生命進(jìn)展和疾病診斷等領(lǐng)域的重要研究手段。但是,不同來源的樣本中的RNA種類占比具有極大的不均一性,如正常細(xì)胞中核糖體rRNA約占總RNA的90%-95%,而血液中珠蛋白的mRNA約占總mRNA的76%以上,這些RNA的存在占據(jù)了大部分的測序數(shù)據(jù),嚴(yán)重影響低豐度RNA的檢測,提高了測序成本。rRNA以及Globin的去除,對于實(shí)現(xiàn)RNA經(jīng)濟(jì)高效的測序至關(guān)重要。


操作繁瑣,傳統(tǒng)rRNA耗時(shí)太長


對于原核生物以及一些低質(zhì)量的樣本如FFPE來說,不適用于oligo-dT磁珠的回收富集,因而基于RNase H消化去除的方法也被廣泛接受,但是整體流程相對復(fù)雜,全流程耗時(shí)約1-2 h左右,操作共需要30多步,時(shí)間更長,操作也更復(fù)雜。
 
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圖1.基于RNase H的傳統(tǒng)rRNA去除路線
 

3 min完成rRNA去除,等你來盤!


翌圣生物自主研發(fā)的一步法靶RNA快速去除技術(shù)可以在RNA建庫過程中快速去除不需要的rRNA和珠蛋白mRNA,整個(gè)過程只需要3 min,一步操作。產(chǎn)品包括Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit(一步法快速rRNA去除試劑盒)和Hieff NGS® One-Step Globin RNA Removal Kit(一步法快速珠蛋白RNA去除試劑盒)。

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圖2. 逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針法去除rRNA原理示意圖

一步法靶向RNA去除快速技術(shù)的原理是利用強(qiáng)結(jié)合能力的逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針優(yōu)先封閉靶RNA,阻止逆轉(zhuǎn)錄酶通過逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針鎖定的靶RNA位點(diǎn),從而達(dá)到在逆轉(zhuǎn)錄過程中去除靶RNA的目的。

相較于傳統(tǒng)RNA富集方法,一步法rRNA去除試劑具有以下優(yōu)點(diǎn),極大簡化了操作流程和提高了建庫效率:

  • 操作簡單(僅需一步加樣操作)

  • 耗時(shí)3 min(無需額外的純化操作)

  • 對非靶RNA保留完整、特異性強(qiáng)、效率高和基因檢出數(shù)高

 
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圖3.三種RNA富集方法原理對比

1. 不同起始量RNA樣本中rRNA去除效率對比


不同Input RNA的293T細(xì)胞采用一步法rRNA去除試劑盒進(jìn)行去除,隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進(jìn)行文庫構(gòu)建(Cat#12252),分析結(jié)果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。

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圖4. 不同起始量RNA樣本中rRNA去除效率對比

注:為了獲得更好的建庫產(chǎn)量,建議1-100ng RNA投入量使用Cat#12259,100-1000ng RNA投入量使用Cat#12258。

2. 不同質(zhì)量FFPE RNA樣本中rRNA去除效率對比


不同質(zhì)量度的FFPE樣本采用一步法rRNA去除試劑盒進(jìn)行去除,隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進(jìn)行文庫構(gòu)建(Cat#12252),分析結(jié)果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。
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圖5. 不同質(zhì)量度RNA樣本去除效率對比;左(DV200=70%), 中(DV200=43%),右(DV200=12%)

注:DV200 表示大于 200 個(gè)核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA  片段的百分比。
 

授權(quán)


翌圣生物逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針法獲得了國家知識產(chǎn)權(quán)局的發(fā)明授權(quán)。任何在逆轉(zhuǎn)錄過程中利用逆轉(zhuǎn)錄阻礙探針混合物去除靶RNA的方法都應(yīng)屬于本的保護(hù)范圍。
 
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訂購信息



產(chǎn)品名稱
產(chǎn)品貨號
產(chǎn)品規(guī)格
Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit (100-1000ng )
12258ES24/96
24/96 T
Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit (1-100 ng)
12259ES24/96
24/96 T
Hieff NGS® One-Step Globin mRNA Removal Kit (Human)
12260ES24/96
24/96 T


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