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DNA雙螺旋模型的發(fā)現(xiàn)讓人們認(rèn)識(shí)到，生命最根本的基石是4個(gè)“堿基字母"及其相應(yīng)的“書寫規(guī)則"。現(xiàn)代分子生物學(xué)的發(fā)展對(duì)DNA的研究有了更精準(zhǔn)的認(rèn)識(shí)；DNA提取是分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中的實(shí)驗(yàn)步驟。
土壤中的微生物多種多樣，同時(shí)，土壤樣本中常含有大量的抑制劑（腐殖酸、黃腐酸等腐殖質(zhì)），腐殖質(zhì)容易與核酸一起被抽提，且會(huì)影響DNA聚合酶活性，進(jìn)而影響下游PCR及測序過程。獲取土壤樣本微生物DNA是土壤研究的第一步，也是下游實(shí)驗(yàn)?zāi)芊癯晒M(jìn)行的最關(guān)鍵的一步。
樣本微生物含量低：增加樣本量；調(diào)節(jié)樣本的含水量等因素來優(yōu)化裂解條件。
裂解不充分：增加物理破碎的時(shí)間和次數(shù)。
洗脫不充分：建議二次洗脫增加產(chǎn)量或提高洗脫體積。
難點(diǎn)二：提取的核酸出現(xiàn)降解，跑膠有彌散現(xiàn)象
優(yōu)化裂解條件，避免過度裂解，降低物理破碎的力度；
操作過程中是否有污染 DAase，造成 DNA 降解；
可能有大量RNA的污染，可加入RNase I。
難點(diǎn)三：提取 DNA 的純度過低，殘留抑制物影響下游實(shí)驗(yàn)
樣本復(fù)雜含有有機(jī)質(zhì)高：需要特別去除雜質(zhì)，必要時(shí)可以使用 PBS 清洗土壤并收集菌體；
雜質(zhì)去除效果差，雜質(zhì)殘留多：選擇有去除蛋白、腐質(zhì)酸等復(fù)雜抑制物的去雜劑；
乙醇等沒有充分揮發(fā)：晾曬步驟要充分，使醇揮發(fā)。
MolPure® Soil DNA Kit（Cat#18815ES），能高效獲得土壤DNA，有利于實(shí)現(xiàn)后續(xù)對(duì)土壤微生物生態(tài)系統(tǒng)多樣性的研究。
操作便捷：室溫操作，僅需35min即可回收DNA。
產(chǎn)量高：玻璃珠能高效裂解土壤微生物，釋放更多DNA，最大限度地提取其產(chǎn)量。
適用范圍廣：適合花壇土、花盆土、農(nóng)田土、山林土、淤泥、黑土等各類型土壤。
純度高：有效去除土壤中腐殖酸、重金屬離子等雜質(zhì)，并與離心柱法純化相結(jié)合，提高了DNA的純度。
圖1 土壤DNA提取操作流程圖
250mg池塘土壤樣本，分別用18815ES和競品提取，洗脫體積50μL，18815ES相對(duì)競品展現(xiàn)出更優(yōu)異的DNA濃度和純度。
表1 DNA提取濃度和純度
圖2 土壤DNA瓊脂糖凝膠電泳圖
腸道微生物的種類、數(shù)量、生理活動(dòng)等，參與影響人體多種生理機(jī)能，并與部分疾病的發(fā)生緊密相關(guān)。糞便中含有的成分非常復(fù)雜，包括包括水分、蛋白質(zhì)、無機(jī)物、脂肪、未消化的食物纖維、脫了水的消化液殘余、維生素K、維生素B等，因此從糞便中提取核酸并非易事。
難點(diǎn)一：糞便中革蘭氏陽性菌難以破壁
加入裂解液后充分震蕩混勻；
針對(duì)含革蘭氏陽性菌等較難裂解的糞便樣本，可提高樣本裂解的溫度。
難點(diǎn)二：提取 DNA 中的殘留物質(zhì)抑制下游實(shí)驗(yàn)
轉(zhuǎn)移上清時(shí)避免吸到糞便顆粒；
去除雜質(zhì)時(shí)，應(yīng)充分震蕩混勻；
對(duì)于非常干燥的糞便樣本，需要適當(dāng)減少樣本量。
MolPure® Stool DNA Kit 糞便 DNA 提取試劑盒（Cat#18820ES），能高效提取糞便DNA，有利于實(shí)現(xiàn)后續(xù)對(duì)腸道微生物生態(tài)系統(tǒng)多樣性的研究。
操作便捷：室溫操作，僅需35min即可回收DNA。
產(chǎn)量高：裂解液配方，釋放更多DNA，最大限度地提取其產(chǎn)量。
純度高：雜質(zhì)去除劑配方，能很大程度去除糞便中的雜質(zhì)，并與離心柱法純化相結(jié)合，提高了DNA的純度。
圖3 糞便DNA提取操作流程圖
來自8位自愿者的糞便樣本，取200mg樣本，采用18820ES和競品提取糞便DNA，洗脫體積50μL， 18820ES相對(duì)競品展現(xiàn)出更優(yōu)異的DNA濃度和純度。
表2 糞便DNA提取濃度和純度
圖4 糞便DNA提取瓊脂糖凝膠電泳圖
產(chǎn)品編號(hào) | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品應(yīng)用 |
18815ES | MolPure® Soil DNA Kit | 土壤DNA提取 |
18820ES | MolPure® Stool DNA Kit | 糞便DNA提取 |
產(chǎn)品編號(hào) | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品應(yīng)用 |
18700ES | MolPure® Cell/Tissue DNA Kit | 細(xì)胞/組織DNA提取 |
18725ES | MolPure® Marine Animals DNA Kit | 海洋動(dòng)物DNA提取 |
18730ES | MolPure® Blood DNA Kit | 血液DNA提取 |
18780ES | MolPure® Micro DNA Kit | 微量DNA提取 |
18800ES | MolPure® Plant DNA Kit | 植物DNA提取 |
18801ES | MolPure® Plant Plus DNA Kit | 多糖多酚植物DNA提取 |
18806ES | MolPure® Bacterial DNA Kit | 細(xì)菌DNA提取 |
18812ES | MolPure® Fungal DNA Kit | 真菌DNA提取 |
