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翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動(dòng)化轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)

2023-8-1  閱讀(137)

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翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動(dòng)化轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)

 


自動(dòng)化建庫

當(dāng)前,高通量測序已成為生命科學(xué)領(lǐng)域最有力的工具,極大促進(jìn)了腫瘤、遺傳病和病原等領(lǐng)域的發(fā)展。高通量測序中的建庫操作仍存在流程繁瑣、人力資源依賴程度高、自動(dòng)化程度低等問題,限制了其在臨床轉(zhuǎn)化上的應(yīng)用。為促進(jìn)生產(chǎn)轉(zhuǎn)型和臨床應(yīng)用,高效穩(wěn)定的自動(dòng)化建庫方案是必由之路。

轉(zhuǎn)錄組測序
轉(zhuǎn)錄組測序(transcriptome sequencing)已經(jīng)成為轉(zhuǎn)錄組研究的主要方法,可以全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息,進(jìn)而計(jì)算不同基因或轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量、發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本、識別差異表達(dá)基因、分析可變剪切位點(diǎn)、檢測融合基因等。

 

圖1. 轉(zhuǎn)錄組測序流程(網(wǎng)圖,侵刪)

RNA標(biāo)準(zhǔn)品-衡量RNA建庫質(zhì)量
中華家系1號全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)(GBW09904,GBW09905,GBW09906,GBW09907)是我國獲批的組學(xué)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),在生命科學(xué)領(lǐng)域開創(chuàng)了一種全新的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研制模式。中華家系1號標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)建立了生命測量的基準(zhǔn),在此基礎(chǔ)上建立從組學(xué)數(shù)據(jù)產(chǎn)生到分析全過程的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范與質(zhì)量控制體系,才能確保組學(xué)數(shù)據(jù)的質(zhì)量和研究結(jié)果的可靠性。

 

圖2.中華家系1號全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)


全國科研與臨床實(shí)驗(yàn)室轉(zhuǎn)錄組測序室間質(zhì)
室間質(zhì)量評價(jià)預(yù)研活動(dòng)旨在綜合評估參評實(shí)驗(yàn)室轉(zhuǎn)錄組測序檢測和分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和一致性,促進(jìn)轉(zhuǎn)錄組學(xué)在科學(xué)研究中的可重復(fù)性和臨床診療中的有效性。質(zhì)評樣本制備的原料來源包括人基因表達(dá)通用參考RNA、人腦組織來源參考 RNA、ERCC RNA內(nèi)參混合物和中華家系1號人源B淋巴細(xì)胞系全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。

 

翌圣生物聯(lián)合華大智造,參考了國家衛(wèi)健委臨檢中心組織的全國轉(zhuǎn)錄組室間質(zhì)評方案,發(fā)布了中華家系1號標(biāo)準(zhǔn)品轉(zhuǎn)錄組自動(dòng)化測試數(shù)據(jù)。

 

 

測試方案

 

測試樣本中華家系1號RNA標(biāo)準(zhǔn)品(Quartet RNA)D5、 D6 、F7、 M8,且三次平行重復(fù);

建庫試劑盒:Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit(Cat#12309ES);

自動(dòng)化平臺:MGISP-960自動(dòng)化平臺;

測序平臺:DNBSEQ-G99。

 

 

12309ES兼容 Illumina 和 MGI 雙平臺以及雙模式 mRNA 建庫試劑盒

 

圖3.mRNA 建庫試劑盒流程原理圖

 

 

結(jié)果展示

01

 

MGISP-960自動(dòng)化建庫與手動(dòng)建庫文庫濃度

4個(gè)中華家系一號RNA標(biāo)準(zhǔn)品D5、D6、F7、M8樣本,每個(gè)樣本3次重復(fù),同時(shí)采用MGISP-960自動(dòng)化平臺建庫和手動(dòng)建庫,自動(dòng)化建庫與手動(dòng)建庫均具備高度均一的文庫產(chǎn)量。

 

圖4.自動(dòng)化建庫與手動(dòng)建庫文庫濃度對比

02

 

MGISP-960自動(dòng)化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)與中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集對比

  • 數(shù)據(jù)質(zhì)量綜合評分

12309ES測序數(shù)據(jù)對比到中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集,以分值來代表SNR和RC的綜合水平。

 

Great!12309ES的數(shù)據(jù)質(zhì)量評分高達(dá)9.733

 

 

  • 數(shù)據(jù)評價(jià)結(jié)果

基因counts、表達(dá)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量評價(jià)結(jié)果:每組樣本包含 3 個(gè)技術(shù)重復(fù),SNR為31.1,基因表達(dá)量結(jié)果在技術(shù)重復(fù)之間具有非常好的可重復(fù)性。

 

圖5.樣本表達(dá)譜數(shù)據(jù) PCA 分析結(jié)果

 

基于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)參考數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)差異倍數(shù)的準(zhǔn)確性評價(jià)結(jié)果:12309ES的測序結(jié)果與中華家系 1 號全轉(zhuǎn)錄組 RNA 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)集差異分析,Pearson相關(guān)系數(shù)>0.94,基因定量水平具有高準(zhǔn)確性。

 

圖6.基因表達(dá)差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結(jié)果

03

MGISP-960自動(dòng)化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)的post alignment分析

D5、D6、F7、M84個(gè)RNA標(biāo)準(zhǔn)品采用12309ES于MGISP-960進(jìn)行自動(dòng)化轉(zhuǎn)錄組建庫,測序結(jié)果post alignment分析,GC含量均分布在49%-50%之間、exonic%>79%、intronic%<18.5%、intergnic%<2.5%,文庫插入片段組分在270bp-300 bp之間,rRNA的占比<1.3%,兼具的QC指標(biāo)。

表1:post alignment分析的基本QC指標(biāo)

圖7.rRNA殘留的占比

 

 

產(chǎn)品推薦

 

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

產(chǎn)品應(yīng)用

Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit

12309ES

mRNA建庫

Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)

12310ES

total RNA建庫

Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2

12195ES

酶切法建庫

Hieff NGS® DNA Library Prep Kit

13577ES

機(jī)械法建庫

Hieff  NGS® DNA selection Beads(Superior Ampure XP alternative)

12601ES

DNA純化磁珠

1×dsDNA HSAssay Kit

12642ES

雙鏈DNA(dsDNA)定量

 

 

適配儀器MGISP-960簡介

翌圣生物攜手華大智造聯(lián)合推出翌圣-MGI聯(lián)合品牌MGISP-960高通量自動(dòng)化樣本制備系統(tǒng)。

 

 

華大智造MGISP-960高通量自動(dòng)化建庫平臺可同時(shí)對96例樣本進(jìn)行自動(dòng)化建庫,適用于高通量、交付型實(shí)驗(yàn)室,在大幅度解放實(shí)驗(yàn)室人力的同時(shí),減少人工操作對實(shí)驗(yàn)造成的影響,提高文庫制備穩(wěn)定性。



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