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Seaphages

 

宿主細(xì)菌

擁有800 多個已測序的分枝桿菌噬菌體，我們熱衷于擴(kuò)大我們的網(wǎng)絡(luò)，將在放線菌門內(nèi)其他宿主上分離的噬菌體包括在內(nèi)。這包括噬菌體，如節(jié)桿菌屬、戈登氏菌屬和紅球菌屬。

 

作為實現(xiàn)這一激動人心目標(biāo)的手段，SEA-PHAGES 團(tuán)隊將分3 個階段對新的放線菌宿主進(jìn)行試驗，每個階段都將告知下一個最終目標(biāo)，即建立最佳實踐以協(xié)助整個 SEA 的噬菌體工作。

 

SEA-PHAGES 教師可以自愿參與這項工作的任何或所有步驟。各階段描述如下。

 

單擊此處查看當(dāng)前處于 SEA-PHAGES 管道中的主機(jī)。

 

第一階段：識別

識別階段是將主機(jī)添加到我們的集合的第一步。此階段的目標(biāo)是確定宿主是否普遍適合課堂噬菌體環(huán)境。這一階段可能由匹茲堡大學(xué)的 Hatfull 實驗室、HHMI SEA-phages 小組或 SEA-PHAGES 計劃內(nèi)的任何機(jī)構(gòu)進(jìn)行。

 

您可以通過選擇要處理的放線菌宿主并確定以下內(nèi)容來參與此階段：

 

生長參數(shù)（培養(yǎng)基、溫度、孵育時間、菌落形態(tài)）

使用富集發(fā)現(xiàn)噬菌體的頻率

請注意，處于鑒定階段的宿主可能只是經(jīng)過初步測試（即菌落和草坪可以在固體培養(yǎng)基上生長）。因此，這一階段的測試可能適合獨(dú)立實驗室項目。如果您有興趣選擇除試點(diǎn)之外的放線菌宿主，我們建議您使用符合以下標(biāo)準(zhǔn)的宿主。

 

是一種 BSL1 放線菌

具有與課堂時間表兼容的生長條件

像草坪一樣容易生長

可以分發(fā)給或可供 SEA-PHAGES 社區(qū)使用

第 2 階段：試點(diǎn)

當(dāng)宿主已經(jīng)充分表征并確定了獲得斑塊的基本指南時，它們可能會進(jìn)入試驗階段。此階段的目標(biāo)是在許多不同的實施環(huán)境中測試主機(jī)，并收集有關(guān)在 SEA-PHAGES 教室中使用主機(jī)的大量數(shù)據(jù)。這一階段通常由 SEA-PHAGES 領(lǐng)導(dǎo)層協(xié)調(diào)，并涉及在同一學(xué)年在同一主機(jī)上工作的多個機(jī)構(gòu)。

 

如果您選擇參與試點(diǎn)階段，您將測試以下參數(shù)：

 

噬菌體感染（富集、斑塊形成/形態(tài)、緩沖液、滴度、儲存）

分子生物學(xué)（DNA 提取、限制性分析、測序、電子顯微鏡）

第 3 階段：驗證

經(jīng)過驗證的主機(jī)現(xiàn)已準(zhǔn)備好在 SEA-PHAGES 教室中廣泛使用。基于試驗數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化協(xié)議可用于補(bǔ)充資源指南，協(xié)議發(fā)布在 PhagesDB 上。

 

主機(jī)選擇指南

新的 SEA-PHAGES 學(xué)院

我們強(qiáng)烈鼓勵所有新加入 SEA-PHAGES 計劃的教職員工在采用新宿主之前使用 SEA 團(tuán)隊為您選擇的細(xì)菌宿主成功實施一年的課程。成功的一年將需要通過向 GenBank 提交至少一個帶注釋的基因組來分離噬菌體。

 

目前的 SEA-PHAGES 教師

歡迎以前實施過 SEA-PHAGES 計劃的教職員工參與開發(fā)新宿主的所有階段。如果您決定測試新主機(jī)，請通過 info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 團(tuán)隊發(fā)送電子郵件，并附上您選擇的主機(jī)和您打算如何實施試點(diǎn)的簡要說明（例如在實驗室中或在教室）。

 

與新主機(jī)合作

當(dāng)您開始使用新宿主時，我們建議您按照資源指南或 PhagesDB 提供的協(xié)議中描述的恥垢分枝桿菌mc 2 155 的說明進(jìn)行操作，但有以下關(guān)鍵例外。

 

首先在 30°C 的 PYCa 培養(yǎng)基中培養(yǎng)新的放線菌。準(zhǔn)備 PYCa 媒體的協(xié)議可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟練使用新宿主，您就可以測試替代生長培養(yǎng)基和溫度。

可以在 PhagesDB 上找到使用新主機(jī)的其他注意事項。

 

我們要求在新主機(jī)上工作的教職員工保持嚴(yán)謹(jǐn)?shù)墓P記，以便我們能夠快速有效地建立最佳實踐。與新主機(jī)合作的數(shù)據(jù)將使用 SEA-PHAGES 團(tuán)隊發(fā)送的在線數(shù)據(jù)收集表收集。您可以在此處查看數(shù)據(jù)收集表，以熟悉將被請求的信息類型。

 

SEA-PHAGES 宿主細(xì)菌的當(dāng)前管道

恥垢分枝桿菌 mc2155

已驗證| 空中交通管制委員會： 700084

 

協(xié)議

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 11861 個| 2109 已測序

 

球形節(jié)桿菌 B-2979

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 561個| 144 測序

 

節(jié)桿菌屬 空中交通管制委員會 21022

已驗證| 空中交通管制委員會： 21022

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 707個| 226 測序

 

灰色鏈霉菌 ATCC 10137

已驗證| 空中交通管制委員會： 10137

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 444個| 109 測序

 

Gordonia rubripertincta NRRL B-16540

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 254 個| 85個測序

 

Gordonia terrae 3612

已驗證| 空中交通管制委員會： 25594

 

噬菌體：1917 年發(fā)現(xiàn)| 464 已排序

 

小葉微桿菌 NRRL B-24224

已驗證

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3191個| 437 已排序

 

紅球菌 RIA 643

試點(diǎn)| 空中交通管制委員會： 15903

 

最初在 ATCC 上列為紅球菌。

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 95 個| 41個測序

 

鏈霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410

試點(diǎn)

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 45 個| 19 測序

 

短桿菌 NRRL B-14687

試點(diǎn)

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 3 個| 1 個已排序

 

綠色發(fā)色鏈霉菌 DSM40736

鑒別

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 27個| 18個測序

 

葡萄球菌NCIB 9291

識別| 空中交通管制委員會： 10234

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 13 個| 8 測序

 

副氧化微桿菌 NWU1

鑒別

 

被內(nèi)布拉斯加衛(wèi)斯理大學(xué)隔離

 

噬菌體：發(fā)現(xiàn) 212 個| 29 測序

 

 

 

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其他的這些是菌株

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