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ATAC-Seq Kit常見問題

1、此試劑是否和Buenrostro et al在nature上發(fā)表的方法一樣？

Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017年Corces et al. 在nature上發(fā)表的文章，優(yōu)化了緩沖液以滿足跟多的實驗需求和高效的實驗過程。

2、試劑盒中包含的重組Tn5酶的來源是？

此試劑盒中的Tn5是由我司克隆，表達(dá)，純化，驗證的超活性突變克隆。所提供的這款轉(zhuǎn)座酶預(yù)先已鏈接好用于NGS測序的接頭（adaptor）序列，所以它不許任何預(yù)處理過程，可直接用于實驗。

3、每個反應(yīng)需要使用的小的細(xì)胞數(shù)量或者組織量是多少？

50,000個細(xì)胞或20 mg組織樣本。

4、可以使用凍存的組織和細(xì)胞嗎？

      可以，但樣本得保證高質(zhì)量且高活性，細(xì)胞應(yīng)在控制速率冷凍中冷凍保存（例如細(xì)胞凍存液梯度凍存），冷凍介質(zhì)的配方應(yīng)防止冰晶形成和隨后的細(xì)胞損傷，組織應(yīng)在-80°C下快速冷凍。

5、可將細(xì)胞核凍存后用于后續(xù)ATAC-seq實驗嗎？

可以的，提取的細(xì)胞核可以-80℃凍存用于后續(xù)使用。制備的同樣品細(xì)胞核可合并在一起增加樣本量。

6、可以使用FACS分選后的細(xì)胞嗎？

可能可以。但FACS后細(xì)胞可能會被破壞。一個高質(zhì)量的ATAC-seq 文庫需要高質(zhì)量高活性的細(xì)胞。

7、您是否建議使用40微米篩孔的細(xì)胞樣本過濾器？

是的，我們推薦使用Falcon 40微米過濾器（Falcon貨號：352340）。

8、所有樣本都需要DNase處理嗎？

DNase的處理能夠幫助確定懸液中游離DNA的去除，如線粒體DNA的去除，如果細(xì)胞樣本中有15%的死亡率，細(xì)胞活性不夠且必須使用此酶，它最終可能會移除你想要的細(xì)胞數(shù)據(jù)。只有當(dāng)細(xì)胞是活較高時，并且不會被酶消化時，才建議將其作為一種選擇。

9、若沒有thermomixer，是否還能使用此試劑盒？

建議使用Thermomixer。然而，我們已經(jīng)對此進(jìn)行了測試，在37°C溫度下不使用thermomixer而是在帶熱蓋的熱循環(huán)器中進(jìn)行轉(zhuǎn)座反應(yīng)，反應(yīng)能夠成功。

10、      是否能夠室溫融化此試劑盒包含的所有試劑盒組分，如master mixes和酶？

除了轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 以外，其他試劑均可室溫融凍。轉(zhuǎn)座酶和Q5 DNA polymerase 包裝中含有甘油，不會被凍結(jié)，請直接放在冰上使用。其他組分可融凍多次用于以后使用，所以不需要一次性將16次的試劑用完。

11、      每個樣本需要測序多少量的reads？

常規(guī)20 M reads的測序量就足夠了。

 

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