Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®

——專注珍貴樣本建庫(kù)

1、研發(fā)背景

常規(guī)建庫(kù)方法不適用于珍貴樣本

常規(guī)DNA建庫(kù)方法步驟繁多，損失量大，常要求DNA起始量至少在幾百納克至幾微克。然而，很多珍貴樣本，如來(lái)源的臨床樣本（人血cfDNA/ctDNA等）、考古樣本、石蠟包埋樣本（FFPE）、冰凍組織穿刺樣本等，往往都只能獲得100ng以下的DNA，而且常常是高度片段化的，并帶有多種化學(xué)修飾的質(zhì)量偏低的DNA。將常規(guī)建庫(kù)試劑盒應(yīng)用于該類樣本的建庫(kù)，往往獲得的文庫(kù)產(chǎn)量低，質(zhì)量差，且原始信息丟失嚴(yán)重。測(cè)序數(shù)據(jù)中的低頻信號(hào)將*淹沒(méi)在背景噪聲中，無(wú)法獲得有效的可供分析的信息。更重要的是，珍貴樣本建庫(kù)一旦失敗，將會(huì)為您的項(xiàng)目帶來(lái)重大的損失。

珍貴樣本要選擇更好的建庫(kù)試劑

要從珍貴樣本中獲得有效數(shù)量的DNA很不容易，樣本量不足是制約其有效建庫(kù)的重要瓶頸之一。翊圣生物高通量測(cè)序領(lǐng)域的科研人員，結(jié)合豐富的NGS建庫(kù)試劑研發(fā)經(jīng)驗(yàn)與測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，探討并設(shè)計(jì)了專注珍貴樣本建庫(kù)的微量DNA文庫(kù)構(gòu)建試劑盒：Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®。該款試劑盒主要通過(guò)采用高質(zhì)量的組分構(gòu)成、優(yōu)化酶學(xué)反應(yīng)條件、改良緩沖體系、簡(jiǎn)化DNA-片段篩選方法等技術(shù)手段，提高文庫(kù)轉(zhuǎn)化效率、文庫(kù)產(chǎn)量及質(zhì)量，突破了微量或珍貴樣本進(jìn)行常規(guī)DNA建庫(kù)風(fēng)險(xiǎn)高、成功率低的瓶頸，實(shí)現(xiàn)了、穩(wěn)定的微量DNA建庫(kù)與測(cè)序。Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®zui低可將50pg的DNA制備成適用于Illumina^®平臺(tái)的文庫(kù)，其優(yōu)異的性能已在微量珍貴樣本中得到有效驗(yàn)證，具有文庫(kù)產(chǎn)量高、質(zhì)量好，測(cè)序覆蓋度高、準(zhǔn)確性好、偏好性極低等優(yōu)勢(shì)，有助于更好的推動(dòng)NGS技術(shù)在臨床及基礎(chǔ)研究領(lǐng)域的應(yīng)用。

• 50pg DNA建庫(kù)

• 適用于cfDNA、FFPE等珍貴樣本建庫(kù)

• 3小時(shí)內(nèi)建庫(kù)

• 的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率

• 的測(cè)序數(shù)據(jù)

2、產(chǎn)品描述

Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®是針對(duì)Illumina^®高通量測(cè)序平臺(tái)專業(yè)開(kāi)發(fā)設(shè)計(jì)的微量DNA樣本建庫(kù)試劑盒。本試劑盒可將50pg-250ng的微量片段化DNA制備成適用于Illumina^®測(cè)序平臺(tái)的文庫(kù)，適用于血液或血漿樣本中cfDNA，F(xiàn)FPE樣本中DNA以及其他珍貴樣本的建庫(kù)。Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®使用精心優(yōu)化的配方體系，提供分步的、線性化的操作方案，具有文庫(kù)產(chǎn)量高、偏好性低、更易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化等優(yōu)點(diǎn)。

Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®在翊圣已實(shí)現(xiàn)規(guī)?；a(chǎn)，試劑盒中提供的所有試劑組分，都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量與功能可靠性驗(yàn)證，zui大程度上保障產(chǎn)品優(yōu)異性能與批次穩(wěn)定性。

3、產(chǎn)品應(yīng)用：

將50pg-250ng片段化DNA制備成適用于Illumina^®測(cè)序平臺(tái)的文庫(kù)。

4、產(chǎn)品特點(diǎn)

1）3小時(shí)內(nèi)建庫(kù)

Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®兼顧*酶反應(yīng)條件和zui短的反應(yīng)時(shí)間，大幅度縮短DNA建庫(kù)時(shí)間至3小時(shí)以內(nèi)，耗時(shí)與其他公司快速建庫(kù)試劑盒相當(dāng)，但顯著提高DNA建庫(kù)效率。 

圖1 Hieff NGS^TM Nano DNA library prep kit for Illumina^®的建庫(kù)效率高。

2）高效的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率

文庫(kù)轉(zhuǎn)化率即DNA-片段轉(zhuǎn)化為雙端帶特定接頭DNA-片段的效率，是衡量一款建庫(kù)試劑盒的關(guān)鍵指標(biāo)。

的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率意味著可以用更低的循環(huán)數(shù)得到足夠上機(jī)測(cè)序的文庫(kù)總量，同時(shí)降低文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中所引入的序列偏好性。

圖2 Hieff NGS^TM Nano DNA library prep kit for Illumina^®的文庫(kù)轉(zhuǎn)化率達(dá)到*水平。

樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數(shù)值。測(cè)定方法：連接完整接頭后，qPCR文庫(kù)定量。

3）文庫(kù)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)低

在獲得相同產(chǎn)量文庫(kù)時(shí)，使用的PCR循環(huán)數(shù)越少，表示試劑盒的建庫(kù)效率越高。

表1 Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®的文庫(kù)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)低，達(dá)到*水平。

樣本：片段化E.coli gDNA。接頭比例：按各款試劑盒中推薦的數(shù)值。

4）的文庫(kù)質(zhì)量

使用Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®對(duì)100pg和100ng E.coli gDNA建庫(kù)，所得經(jīng)分選和未經(jīng)分選的文庫(kù)均為單一條帶，正態(tài)分布，無(wú)雜峰，片段大小符合測(cè)序要求。

圖3 Hieff NGS^TM Nano DNA library prep kit for Illumina^®獲得文庫(kù)。

建庫(kù)樣本：片段化E. coli gDNA。分選在文庫(kù)擴(kuò)增后進(jìn)行。

5）的測(cè)序質(zhì)量

測(cè)序數(shù)據(jù)是反映建庫(kù)試劑盒性能的zui重要指標(biāo)。

使用Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®和同類型產(chǎn)品用于大腸桿菌基因組DNA文庫(kù)構(gòu)建，并使用Illumina Hiseq 4000平臺(tái)，以PE150模式進(jìn)行測(cè)序。結(jié)果顯示，Yeasen Nano在Q30、堿基質(zhì)量、Mapped到的Reads比例、Coverage等方面與品牌N*Ultra II相當(dāng)，并超越了品牌K*Hyper產(chǎn)品。

表2 大腸桿菌K12菌株基因組DNA測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)。

Input DNA: 1ng. Illumina Hiseq 4000, PE 150, reference genome: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655.

圖4 Yeasen樣品測(cè)序數(shù)據(jù)Fastqc報(bào)告（左：序列質(zhì)量分布；右：堿基分布）。

6）性價(jià)比

Yeasen致力于為您提供的產(chǎn)品??！

圖5 Hieff NGS^TM Nano DNA Library Prep Kit for Illumina^®性價(jià)比更高。

5、文獻(xiàn)引用

[1]Lan J H, Yin Y, Reed E F, et al. Impact of three Illumina library construction methods on GC bias and HLA genotype calling[J]. Human immunology, 2015, 76(2): 166-175.

[2]Thorner A R, Ziaugra L, Ducar M D, et al. Optimization of library construction for massively parallel sequencing using low-input, FFPE-derived DNA without additional PCR amplification[J]. 2016.

[3]Lakha W, Paneeva I, Squazzo S, et al. DNA fragmentation and quality control analysis using Diagenode shearing systems and Fragment Analyzer[J]. Nature Methods, 2016, 13(10).

[4] Wolf K, O'Neil D, Schroeer S, et al. Next‐Generation Sequencing Library Preparation from FFPE Tissue Samples[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.24. 1-7.24. 14.

[5]Apone L, Liu P, Panchapakesa V, et al. Enhancing clinical utility of NGS with reduced bias, low DNA input, library construction[J]. 2016.

[6]Fang N, Löffert D, Akinci‐Tolun R, et al. Construction of a Sequencing Library from Circulating Cell‐Free DNA[J]. Current Protocols in Molecular Biology, 2016: 7.25. 1-7.25. 13.

[7]Nascimento F S, Wei-Pridgeon Y, Arrowood M J, et al. Evaluation of library preparation methods for Illumina next generation sequencing of small amounts of DNA from foodborne parasites[J]. Journal of Microbiological Methods, 2016, 130: 23-26.

6、常見(jiàn)問(wèn)題

Q: 該款試劑盒適用于哪些樣本的建庫(kù)？

A：本試劑盒適用于所有樣本的DNA建庫(kù)，尤其適合珍貴樣本DNA建庫(kù)，如cfDNA，F(xiàn)FPE樣本。

Q: 在使用該款試劑盒時(shí)，不同類型的樣本的Input DNA量應(yīng)為多少？

A：Input DNA特指投入末端修復(fù)/A尾添加步驟中的DNA。下表列舉了常見(jiàn)應(yīng)用中推薦的Input DNA量。

表1 常見(jiàn)應(yīng)用中推薦Input DNA量

【注】：上表為使用高質(zhì)量DNA時(shí)推薦的Input DNA量，當(dāng)Input DNA質(zhì)量較差或需要進(jìn)行片段分選時(shí)，應(yīng)適當(dāng)上調(diào)使用量。

Q: 文庫(kù)制備過(guò)程中，是否需要片段長(zhǎng)度分選？

A：文庫(kù)制備過(guò)程中需要進(jìn)行片段長(zhǎng)度分選。分選步驟可選擇在末端修復(fù)/A尾添加之前，或在接頭連接之后，或在文庫(kù)擴(kuò)增之后進(jìn)行。

Q: 使用該款試劑盒所得的文庫(kù)是否可以用于Ion Torrent平臺(tái)？

A：本款試劑盒針對(duì)Illumina^®平臺(tái)開(kāi)發(fā)，所得文庫(kù)僅適用于Illumina^®平臺(tái)。

Q: 產(chǎn)品的有效期與保存方法？

A：產(chǎn)品所有組分-20°C保存，有效期1年。

Q: 純化和分選步驟，可以使用哪些磁珠？

A：純化和分選步驟，建議使用Hieff NGS^TM DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效產(chǎn)品。

7、訂購(gòu)信息

8、相關(guān)產(chǎn)品推薦

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